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16S_rDNA鉴定细菌的方法(3)

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4000rpm离心10min收集菌体,用Washing TE(50mmol/LTris-HCl

pH8.0,10mmol/LEDTA pH8.0)洗菌体2次。

将菌体充分悬浮在5ml 1×TE缓冲液中,先后加入0.5ml 5mg/L的蛋白酶、

0.5ml 10% SDS,轻轻混匀后50℃放置3h-5h。

用等体积的Tris饱和苯酚抽提2次,苯酚/氯仿/异戊醇抽提一次,氯仿抽

提一次。(取上清液。

乙醇沉淀DNA。

用自动移液器吸管头将絮状DNA沉淀块吸附到Ep管中,70%乙醇洗2次,干

燥后溶于适

当1×TE或ddH2O中。

3

细菌培养:细菌接种于5ml液体培养基中,37℃摇床(300rpm)培养过液。 细菌收集:取1ml培养物于1.5ml EP管中,室温8000rpm离心5min,弃上

清,沉淀重新悬浮于1ml TE(pH8.0)中(用ddH2O也行)。

菌体裂解:加入6μl 50mg/ml的溶菌酶,37℃作用2h。再加2mol/LNaCl50

μl,10%SDS 110μl,20mg/ml的蛋白酶K 3μl,50℃作用3h或37℃过夜。(此时菌液应为透明粘稠液体)。

抽提:菌液均分到两个1.5ml EP管,加等体积的酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶

1),混匀,室温放置5-10min。12000rpm离心10min。抽提两次。(上清很粘稠,吸取时应小心,最好枪头尖应剪去)。

沉淀:加0.6倍体积的异丙醇,混匀,室温放置10min。1 2000rpm离心10。 洗涤:沉淀用75%的乙醇洗涤。

抽(凉)干后,溶于50μl ddH2O中,取2-5μl电泳。作PCR模板用。

5 CTAB/NaCl裂解法

接两环菌(0.75ml甘油管菌液)于25ml LB培养基中,37℃、200r/min培

养24h。

取1.5ml菌液于1.5ml Eppendorf 离心管中,8000r/min离心5分钟,弃去

上清。

加入1.5ml TE离心洗涤后,用567 ul TE溶解菌体,混匀。

加入30μl 10%SDS和3 ul 20 mg/ml的蛋白酶K(100 ug/ml),混匀,于

37℃温育1h。

加入100μl 5mol/L NaCl,充分混匀,再加入80μl CTAB/NaCl,混匀,65℃

温育10分钟。

加入等体积的氯仿/异戊醇(24:1)(0.8ml),混匀,12000r/min离心5分钟,

保留上清。

上清中加入等体积的酚∶氯仿∶异戊醇(25∶24∶1)(0.8ml),混

匀,12000r/min离心5分钟,保留上清。

加入0.6倍的异丙醇(0.48ml),轻轻混合直到DNA沉淀下来

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