1.2 Y5菌株的分离
双齿围沙蚕采集自青岛近海海岸的泥沙中。将活沙蚕用无菌海水洗净后置于无菌海水中24 h使其排泄出肠道中的代谢物,解剖分离出消化道,用棉拭子蘸取内容物接种至2216E培养基,25 ℃分离培养,获得单个菌落。
1.3 形态观察
取菌株Y5接种于2216E固体培养基和营养琼脂培养基上25 ℃ 培养24 h后,光学显微镜下观察细菌形态和革兰染色反应,电子显微镜下观察细菌的结构,并测定其大小。鞭毛染色参照文献[2]方法进行。
1.4 生理特性的测定
1.4.1 生长温度
将Y5菌株接种于无菌海水配制的2216E培养基,然后分别于4、25、35、40 ℃培养,观察其生长情况。
1.4.2 耐盐性
用无菌双蒸水代替海水配制2216E液体培养基,然后加入10~130 g/L浓度的NaCl,将菌株Y5分别接种于其中,25 ℃培养24 h后观察其生长情况,以检测菌株Y5对NaCl的耐受浓度。
1.4.3 对碳源的利用及其他生化实验
参照文献[2]方法进行。
1.5 细菌脂肪酸的测定
由军事医学科学院微生物研究所采用HP 6000气相色谱仪进行测定。
1.6 DNA的(G+C)mo1%的含量的测定
采用熔点法(T 值法)测定(G+C)mol%的含量[3]。
1.7 16S rRNA基因的PCR扩增、序列测定和系统发育分析
将菌株Y5接种于LB液体培养基中过夜培养至对数生长期,用试剂盒提取基因组DNA。参照文献[4,5]的方法设计PCR扩增引物,上游引物:5′-AGAGTTTGAT CCTGGCTCAG-3′,下游引物5′-AGTAAGGAGGTGATCCAACCGCA-3′。PCR反应体系(50 μL)含:模板2.0 μL,Taq DNA 聚合酶0.5 μL,10×PCR缓冲液5 μL,MgCl2(25 mmol/L)5.0 μL,dNTP(2.5 mmol/L each)5.0 μL,引物(10 μmol/L)各2.0 μL。扩增条件为:94 ℃ 6 min后,94 ℃预变性45 s、54 ℃ 45 s、72 ℃ 90 s,30个循环后72 ℃延伸10 min。PCR产物经试剂盒纯化后与pGEM-T Easy载体连接,转化E.coli JM109,提取质粒后,送上海英骏生物技术有限公司测序。将实验所得的菌株Y5 16S rRNA基因1 532 bp的序列输入GenBank,与已收录的细菌基因序列进行BLAST比较。利用CLUSTAL X与其他相关细菌序列进行对比, MEGA(3.0)软件Kimura 2-parameter距离模型进行UPGMA分析生成系统发育树,发育树用Bootstrap法(重复数为1000)检验。
2 结果
2.1 形态与菌落特征
菌株Y5为革兰阴性菌,呈直杆状,大小约为(0.5~1.0)μm×(1.5~3.0)μm,鞭毛染色和电子显微镜下均未发现鞭毛(图1);在2216E和营养琼脂培养基(30 g/L NaCl)平板上培养24 h后形成的菌落形态相似,均为圆形,凸起,边缘整齐,无色半透明,湿润有光泽的光滑型菌落,直径约0.5 mm,培养48 h后直径可达1.0~2.0 mm,淡黄色,扁平。 2.2 生理生化特征
菌株Y5可在4~40 ℃范围内生长,但4、40 ℃生长缓慢;可以在10~130 g/L NaCl环境中生长,无NaCl或浓度超过140 g/L 则不生长,表明该菌具有嗜盐性。菌株Y5可利用葡萄糖、麦芽糖,分解甘露糖的能力较弱,不能利用甘露醇、乳糖、半乳糖、鼠李糖、果糖、山梨醇、棉子糖、纤维二糖、蔗糖、木糖、海藻糖、侧金盏花醇等;氧化酶、过氧化氢酶、精氨酸双水解试验阳性,不还原硝酸盐;精氨酸脱羧试验阳性,但鸟氨酸脱羧、赖氨酸脱羧阴性;另外,该菌不能液化明胶,靛基质、Tween-80水解、DNA酶、尿素酶、淀粉酶、H2S试验均阴性。见表1。表1 菌株Y5和其他海单胞菌属细菌的鉴别特征比较(略)
2.3 菌体脂肪酸含量
经气相色谱法测定,菌株Y5的主要脂肪酸成分为C18:1ω7c (41.0%)、C16:1ω7c (25.5%)、C16:0 (12.9%)、C10:0 3-OH(7.8%)。见表2。 表2 菌株Y5及相关细菌细胞主要脂肪酸组成(略)
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