pymol使用笔记(6)

（2）在2个coot中分别打开要修的文件，一个放到good chain 修好的位置，另一个放到要修的chain的位置，然后把他们摆到一模一样的空间位置，然后观察好的和坏的的区别，照样依葫芦画瓢。 这样其实就是人在做电脑的工作，不过还是蛮锻炼人的空想象力的。 之所以会有第二种推荐，是因为做superimpose的话可能会产生分子的坐标位问题。还要与相位正确的model再叠合一次，回到原来相位。不做好备份的话，搞不好会丢失正确的结构。（2）的话很锻炼人，就是有点费时间。

3. 有的时候就差肽键的方向不对，应该反过来，但是旋转残基的方向想象力达不到，可以选择先将那个取向不正确的氨基酸删除，然后重新加上ala再突变，有可能会以正确的构象加上去~

4. 依然遗留的问题是： 为什么有的时候用backbone修正只要动一点点就可以达到蓝点，却总是转了之后一实空间修正久回去为红点呢？据说这时要修好之后在下一步phenix.refine的时候exclude 那样的残基，不然refine完了又回去了。各位大师有没有知道 在phenix refine的时候exclude 某些位点的命令的啊？

分子置换的步骤

1.对同源蛋白质的PDB文件进行编辑。去掉无同源性的部分，去掉水分子，以形状更接近于球形的部分为模型。（如果model为多聚体，一般用单体作为模板） 2.使用CCP4将sca文件转化为mtz文件。（data reduction-->import merged data--填好文件路径等)

3. 使用cell content analysis进行蛋白质结构中的聚集态分析。（Molecular replacement-> analysis->cell content analysis) 马修斯系数预测溶剂含量在40-60%为正确的聚集态。（这个聚集状态在后面分子置换填写一个晶胞中寻找的蛋白质分子个数，及寻找model的copy数时有用。） 4.Run phaser

填写好相关参数。需要修改的选项：mtz文件，model文件， ensemble1，number of copies to search， protein Mw， number in asymmetric unit, 相似性百分比， 然后直接run就可以。

COOT中添加小分子的方法

1.先从库里头下个你要的model下来，把结构参数直接先添加到你的model里面，再打开时就会看到那东西在哪儿了，看看它和周围可能离得比较近的氨基酸以及你相要让它出现的实际地点的氨基酸，然后再原始model里面找出他们的位置，把你那相应的位置放到那附近，然后再微调了，个人一直都觉得这方法很stupid，肯定有更简单的方法的。 我也想学习一下，排队顶贴等大牛。 2.CIF文件导入

如何画出氢键

这里我再来发一个来自stevenz的一个详细说明吧。

http://stevenz.blog.hexun.com/31661182_d.html

Regarding H-bonds. There isn't a built-in function yet, but you can show H-bonds between two objects using atom selections so long as hydrogens are present in both molecules. If you don't have hydrogens, you can use h_add on the proteins or provide ligands with valence information and then use h_add.

Two examples are below. For clarity, they draw dashes between the heavy atoms and hide the hydrogens.

# EXAMPLE 1: Show hydrogen bonds between protein # and docked ligands (which must have hydrogens)

load target.pdb,prot load docked_ligs.sdf,lig

# add hydrogens to protein

h_add prot

select don, (elem n,o and (neighbor hydro))

select acc, (elem o or (elem n and not (neighbor hydro))) dist HBA, (lig and acc),(prot and don), 3.2 dist HBD, (lig and don),(prot and acc), 3.2 delete don delete acc hide (hydro)

hide labels,HBA hide labels,HBD

# EXAMPLE 2: Show hydrogen bonds between two proteins load prot1.pdb load prot2.pdb

h_add prot1 h_add prot2

select don, (elem n,o and (neighbor hydro))

select acc, (elem o or (elem n and not (neighbor hydro))) dist HBA, (prot1 and acc),(prot2 and don), 3.2 dist HBD, (prot1 and don),(prot2 and acc), 3.2 delete don

delete acc hide (hydro)

hide labels,HBA hide labels,HBD

# NOTE: that you could also use this approach between two # non-overlapping selections within a single object.

其中语句

dist HBA, (prot1 and acc),(prot2 and don), 3.2 dist HBD, (prot1 and don),(prot2 and acc), 3.2

就是设置要显示的氢键的键长最大值，HBA代表受体氢键，HBD代表供体氢键。 自己琢磨吧，多看就懂了。

Lau, S. Y., E. Procko and R. Gaudet (2012). \C-terminal regulatory regions of the TRPV1 channel.\140(5): 541-555.

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