pymol使用笔记(4)

用CCP4 NCONT

1、 CCP4设置如图

2、 Excel整理CCP4输出数据

CCP4 log文件中的表复制到文本文件并保存，excel中导入文本文件中的数据，使用固定宽度，手工添加列，使氨基酸代码和编号成为独立的一列。选择需要的4列并复制粘贴到右侧，再右侧的区域里填入公式并拖动形成新的数据区。IF公式把空白单元格填入空格，CaM编号-1。

3、 复制数据区到文本文件，再次复制出来（去掉格式），粘贴到VB程序的左文本框，点

击按钮即可得到contact表。

4、 复制出contact表，另存为文本文件，导入excel。再次复制数据，选择性粘贴，选转置。 5、 N，C lobe Contact分列，补足IQ的残基。

用CCP4 CONTACT/ACT

Interface

用PISA做结合分析

网上提交PDB，分析出来的结果提供结合面积。Detail按钮可得到氢键、盐键列表。还有氨基酸列表，结合区为黄色。

计算BSA的软件讨论

From: Gloria Borgstahl gborgstahl Date: 2007-04-30 Here was the query.

What is the easiest way, these days, to calculate the buried surface area between two subunits of a protein?

Here are the software and links received (thank you all):

1. 4+ votes for PISA - This following website is great and does a very nice job of analyzing protein interfaces (including, but not limited to, buried surface area calculations): http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html

FYI. the next website can also yield useful info to figure out if an interface is physiologically relevant or not (less detailed output though): http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pita/

2. surface ( http://www.ccp4.ac.uk/dist/html/surface.html ).

3. Two or three votes for areaimol in CCP4 works well - but beware that for cases we have worked on the default value for point density needs to be increased to get accurate values.

With the subunits A and B and their surfaces surf(A) and surf(B) the equation should hold: surf(A) + surf(B) = surf(A+B) +2x

where x is the surface between them. So if you calculate the surfaces of each subunit separately and of the complex that yields x.

4. NACCESS http://wolf.bms.umist.ac.uk/naccess/ 5. CCP4mg will do this - and show you graphically..

http://www.ysbl.york.ac.uk/~ccp4mg/ccp4mg_help/analysis.html#sas 6. see the discussion and references in:

http://xray.bmc.uu.se/cgi-bin/gerard/reprint_mailer.pl?pref=84 7. Chimera.

http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2006-December/001131.html Thanks again.

Ligplot

解压缩到C盘，运行CMD，粘贴并回车下面两条命令，cd c:\\ligplus和cligplus。程序运行后出现路径和目录选择界面，把pymol的路径改成： C:\\Program Files\\PyMOL\\PyMOL\\PymolWin.exe

在C盘建立一个临时文件目录tmp。选open，打开一个pdb文件，DIMPLOT是做蛋白质之间相互作用的。 例子一：

Domain 1:后面的框里输入 281-316 A Domain 2:后面的框里输入2-146 D 选择包括水（氢键太多，显示很乱），保持第一条链的氨基酸顺序

静电势DelPhi（有问题） DelPhi v.5.1使用方法

（以c.pdb为例）Manual在程序里doc目录下。

文件准备

解压缩DelPhi软件到硬盘（比如D:），拷贝c.pdb到D:\\ greensoft\\DelPhi\\executable，下载的原始文件目录名是DelPhi_WIN_F77，为简便起见改为DelPhi。解压缩elec.tar里面的三个文件到该目录，用写字板编辑\，把其中的PDB文件名改成c.pdb。如果输出文件到Grasp则需要把输出文件命令改一下： 默认：out(phi,unit=20,format=2)

改为：out(phi,file=\

default.siz中添加（钙离子的半径，不知道是否需要添加，反正加不加没有变化）： ca 1.86 程序运行

运行CMD，依次执行（d: ）（cd D:\\greensoft\\DelPhi\\executable）（delphi77 delphi.param） 把得到的结果文件\改成PyMol可识别的\

Pymol打开DelPhi电势文件

运行Pymol，打开c.pdb，

Show the surface of your molecule in the PyMol menu (The term \should be the name of your molecule). => myprot => show => surface

Load the electrostatic grid in PyMol: PyMOL> load cmap.phi, e_map Create a color ramp in PyMol:

PyMOL> ramp_new e_lvl, e_map, [-7, 0, 7]

This color ramp is now an object in your PyMol menu called \Color the surface according to the grid and map: PyMOL> set surface_color, e_lvl, c Ramping the Potential

You can change the color scale on the fly in PyMol by issuing another \other numbers (this makes it have more red and blue): PyMOL> ramp_new e_lvl, e_map, [-3, 0, 3]

The 3 numbers are red-point, white-point and blue-point, respectively. The scale can also be changed by [ctrl+mid-click] while you drag the color scale.

You can also change the quality of the surface in the PyMol in the control window with the PyMol menu:改变surface质量

=> Setting => Edit All... => surface_quality => 2 (Set surface_quality,2)

You will need to wait a few minutes (give it 5 at least) for PyMol to calculate the surface with this setting. It only needs to calculate the surface once, and it will rotate and move fairly easily after that, but will look DAMN GOOD too.

Grasp2打开DelPhi电势文件

File->Load phimap->Insight format ，选择DelPhi产生的phimap.grd文件

修结构方法搜集

修结构刚开始据说是要先修主链

修结构刚开始据说是要先修主链。修主链的意思是不是就是让酰胺平面附合要求，酰胺键上的羰基氧和N 都符合电子密度的形状呢？ 同时也要兼顾一下侧链。

这时电子密度的sigma值要高于1，不然噪音太大，影响对主链的辨别。

今天还在修第一轮结构，四聚体，现在在修第四条链了。新手乍练，有些心得，share一下。也希望有各位大牛飘过，指点一二。^_^

修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置.

出问题最多的就是ALA GLY 和pro 密度很细 肉眼分辨不出来正确的走象。 PRO 和Gly总是出现在拐角处，而拐角处的密度又往往是多方交集 乱的很~ 拉氏构象图上的红点多是这种位置。 cys处也容易出红点。

还有 alpha 螺旋和beta 折叠内部一般不会出什么问题。

实空间修正：根据电子密度图调整残基的位置。选择一段残基短链进行实空间修正。 如果实空间修正时 所有参数都是绿色，那么这段序列的拉氏图一般没有问题，不用再去点击edit backbone torsions逐一check up psi和phi角是否符合。 二级结构之间的转角处除外。若有黄色出现，甚至多个黄色参数，序列段中一般有红点。要逐一确认一下。这个经验在选定的残基数越多时越有用。

当然，也可以修完一遍之后再根据拉氏构象图去寻找红点，各个击破，不过那样容易遗漏，而且缺乏连续性，有的氨基酸是红点是因为邻近的氨基酸构象不正确造成的，而非它本身。 beta-beta 转弯处简直就不是human being 修的啊~~ 密度少了真是白搭。 另外有一个问题： 不知如何只看某一条链的拉氏图？ 而不是全部。因为红点太多了容易看不清。 哪位高人可以指导一下呢？

转角处总是会出现氨基酸残基数看起来比密度能塞下去的长一块儿的现象~ 这是为什么呢？

唉，我的alpha螺旋一碰到ALA就出红点 。。。 这是为什么呢？

修结构重在整体形象。

刚在修一个alpha螺旋，单独看几个连续的残基，怎么都看不出来主链肽键的方向应该冲哪，因为密度比较弱，看不出来羰基氧的那个小尖尖~ 怎么整都是红点。后来我烦了，直接把图像缩小，照着标准alpha螺旋的样子，把所有的样都冲成一个方向，冲着上一圈酰胺键的氮，然后对很长的肽段进行实空间修正，最后挨个看backbone的拉氏，竟然全变成了蓝色~ 这

就是氨基酸之间相互影响的力量吧~

以前看别人修都是把图像放大到蛮大的以看清密度，现在想想初修的话就放大到可以分得清的程度就可以，以防止只见树木不见森林

修结构新番总结

从拿到老师给大致搭好氨基酸残基位置的model.pdb 及相应的 .sca .mtz文件后，我修结构开始大致经过了如下几个过程：

（1）拿model.pdb做模板，对.mtz文件作分子置换。 使用ccp4的MR程序。

（2）分子置换后得到一个对应的 protein.pdb文件，这时要先把pdb文件对应着电子密度图用coot把残基都突变为自己蛋白序列的氨基酸。 （一般情况下model为所研究目标蛋白的同源蛋白，所以序列并不一致）。因为我的model是硒代的蛋白晶体得到的，所以除了搭模后某些电子密度特别乱的位置为alanine外，老师都给搭好了。（3）进行完残基突变等初步修正过程后，用phenix.refine进行第一轮修正。 第一轮phenix修正时以protein.pdb 和.sca文件 进行。

（4）用coot进行第一轮修正。（这也就是我头2天干的活儿，即先用ccp4做MR，然后接着用phenix.refine 进行修正，再用coot对应电子密度图进行手工修正。）

（5）第一轮修正完成后，一般是进行第二轮phenix.refine.不过我在修正时发现我的B Chain 错误最少，即与电子密度符合最好，所以就想了一下，认为这时有2 options：a. 用第一轮修正后的.pdb进行phenix2的修正；b. 把B Chain 从protein.pdb中截出，作为新的model（model2）来做第二轮分子置换MR2。 于是，分别尝试了2种options。结果发现option2 比option1 要好很多~ 以拉氏构象图的outlier数量来看，option1 有90个，而option2 只有68个。 所以，之后的修正基于MR2的结果继续进行。

（6）MR2之后随即用phenix修正，称为，phenix的关键结果包括一个data.mtz, 一个refine-pdb，一个coeff.mtz的电子密度图。 其中data.mtz 再第二轮phenix时用来与pdb同时使用，代替的是.sca文件的位置。而电子密度图和pdb在下一步的coot修正中使用。 （7）用coot手工修正MR2phenix1后的pdb。 （8）手工修正完成后，我试了3种options a. 进行PHENIX2修正。

b.用MR2phenix1之后的好Chain做MR，然后再phenix

c.用coot手工修完之后，phenix1之前的good Chain做MR 再phenix

结果表明option a最好，红点数有降低，R-WORK 和R-free 也有降低。这样看来各链之间还是有构象差异的，修的差不多之后再做MR起不到什么magic的作用。 但是，5-MR2 确实很magic。初修的时候多一次MR确实很有用。 这些就是到今天为止这几天的修正过程了。

过度修正

现在outlier就剩5个了，可是一phenix r-free就会上升， 不知道怎么回事啊。据说是过度修正了，可是接下来该怎么办呢？ 重新修吗？ 可不可以让它对着之前的密度图修呢？ 真是迷茫啊~~ 谁可以提供点意见啊？

不是说前一段老phenix一修R-Free就升高嘛， 后来有尝试过NCS修正和加水修正。NCS 修呢，r-factor整体会比没有加NCS 要高，所以abandon啦。后来加水修正之后好多啦；然后

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