pymol使用笔记(2)

set ray_shadows, off Spheres的大小 set sphere_scale, 0.5

选择 选择原子

select cc,bb or name o 宏：（斜杠开头从头读取，非斜杠开头从尾读取） color yellow, /pept/lig/a/10/ca color yellow, a/10/ca show cartoon, a//

选择侧链

select active,(resi 538+542 and not (name n,c,o))

select SideChain, HbsResiCaM and not (name n,c,o,ca)

选择骨架上的原子

select eiqbone, eiq and name n+c+ca

选择钙离子

select calciums, CA/

选择范围内原子

1、 How to only show structure that is several angstrom from the ligand?

show stick, xxxx&HETATM around 4 (xxxx is your pdb name, 4 = 4 angstrom)

HETATM指从Protein Data Bank HETATM records中载入的所有原子 2、 选择a链中在B链4.5A范围内的所有原子（为什么要抽出？）

extract cha,chain a extract chb,chain b

select near, cha within 4.5 of chb

从选择的原子扩展到残基

create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc

(这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5 A的氨基酸，生成一个pocket， 9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）

color

彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev）

spectrum count, rainbow, ccam, byres=1

颜色举例

color marine,ecamn color deepblue,ecamc color palegreen,ccamn color forest,ccamc color red,eiq color warmpink,ciq

label label字体

set label_font_id,4 set label_size,-0.5

负值表示以埃为单位，当缩放label对象时，label与label对象的相对大小不会变化。 set label_size,4

set label_outline_color,black

只有label的字体5-12（unicode）文字轮廓颜色才能有效

设定label距离

set label_position,(3,2,1)

label举例

label氨基酸残基

\

label (542/oe1), \label (538/ne), \

1、为选择“IQMainHybro”的α碳原子标记上氨基酸名称及序号。 label IQMainHybro and name ca , \2、单字母label氨基酸残基

label *** and name ca ,\

氢键 氢键概念

氢键存在虽然很普遍，对它的研究也在逐步深入，但是人们对氢键的定义至今仍有两种不同的理解。

第一种把X－H?Y整个结构叫氢键，因此氢键的键长就是指X与Y之间的距离，例如F－H?F的键长为255pm。

第二种把H?Y叫做氢键，这样H?F之间的距离163pm才算是氢键的键长。当然，我们一般都是用的第一种。

看lz所述，pymol也应该是用的第一种。这里先说明一下共价键，键长小于1.8A我们一般认为是共价键，那么，在ideal中，就是说<1.8A的是共价键，而1.8-3.6是氢键。（满足键角等参数的情况下），而在minimally acceptable中，认为1.8-3.2是氢键的范围（这样氢键范围就短了）。有一点可以肯定，键长越短肯定越强。

另外，现在对于氢键键长还真没有定论，因为很多软件都自己定义键长和键角的。但是我在一些论坛上看过，说是DS的键长和键角定义的比较好，键长好像是3.5吧，键角忘了。反正有好多的软件分析出来的氢键数目都不一样的，就看自己定义了。

目前使用的氢键做法：

用pymol来做，pdb没有氢的需要加氢，选肽段，find-polar contacts- to others excluding solvent，all-show lines，手工选取形成氢键的残基，显示为sticks，关闭lines，标记by residue，记录残基号。在pml文件里输入残基号，用命令显示选择内的氢键。

The \scripts. \

各种方法氢键数量比较

ligplot和pisa差异

ligplot多404-120，少410-41 pymol最多

氢键做法汇总

Name法

dist name, sele1, sele2, mode=2 在pep内形成的氢键

cmd.dist(\_conts\

在HbResi内形成的氢键

cmd.dist(\(\

pep与其他非溶剂形成的氢键

cmd.dist(\and not solvent\(pep)) and (not (pep)) and (not solvent)\pep与其他所有原子形成的氢键

cmd.dist(\

结构叠加比对 Align命令用法

Pymol can superpose two structures; type the following at the pymol command line: align mol1, mol2

先打开Ca复合物，然后选B，重命名为cb，再打开EDTA复合物，选择b链，在cb里选align to selection-sele。

如果用A来Align to B，A会跳到B的位置与B叠加。

Wiki中的\命令

With two structures (hereafter referred to as structure1 and structure2) loaded into PyMOL it is a simple matter to type the command: align structure2, structure1

and PyMOL will first do a sequence alignment and then try to align the structures to minimize the RMSD (Root Mean Square Deviation: see footnote 1) between the aligned residues. This often works very well for homologous structures, but if you have to get the RMSD for the backbone atoms of a particular set of non-homologous residues, this can be difficult. You may need to specify the particular residues to match. For example, you may know that only part of structure1 should match to part of structure2. In this case, you may wish to use a command like: align structure2 and resi 1-100, structure1 and resi 300-400 or in short form:

align structure2 & i. 1-100, structure 1 & i. 300-400

Furthermore, you may wish to restrict the alignment to just the backbone atoms, so you can say:

align structure2 and resi 1-100 and name n+ca+c+o, structure1 and resi 300-400 and name n+ca+c+o

or in short form:

align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+o When the align command runs, it will print out some information like: PyMOL>align structure1 & n. ca, structure2 & n. ca Match: read scoring matrix.

Match: assigning 349 x 66 pairwise scores. MatchAlign: aligning residues (349 vs 66)... ExecutiveAlign: 47 atoms aligned.

Executive: RMS = 12.490 (47 to 47 atoms)

静电势APBS（目前没有大问题） 各种静电势方法总结

DelPhi+Pymol做出来的图和APBS+Pymol的有区别，IQCG的IQ用两种方法做出来的图，APBS法做的和单用Pymol的都有尾部红色区（后者白色部分较多），而DelPhi+Pymol的没有尾部红色区。

2KXW做的CaM N-lobe和2011年的文献上的也不一样，文献上没有写作法，看样子使用Pymol直接做的，我用APBS做的差别不算太大，没有文献上的白，Delphi做的蓝色的太多，白色的被蓝色浸润很多，红色的太少。 2012年文献用APBS做差异不大。

安装

APBS 1.4.0 setup.exe，pdb2pqr-1.8.tar.gz，都是从自由软件网上下载的

APBS 1.4.0 setup.exe安装使用过，apbsplugin.py是Pymol的插件，可在pymol内安装。 详细的例子网上有：

http://www.poissonboltzmann.org/apbs/examples/visualization/apbs-electrostatics-in-pymol 中文版的在软件目录里有。

精简的步骤

步骤一：网上生成pqr，设置全用默认 http://nbcr-222.ucsd.edu/pdb2pqr_1.8/ 步骤二：用APBS插件，只需要

1、在APBS Tools 窗口“Main ”标签下， 选择Use another PQR ，然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR: 按钮)或直接输入PQR文件的路径 。

2、APBS.exe路径要按照安装的路径设：例如C:\\APBS\\APBS.exe。其余留空，插件自己会处理。

百度搜索“77cn”或“免费范文网”即可找到本站免费阅读全部范文。收藏本站方便下次阅读，免费范文网，提供经典小说综合文库pymol使用笔记(2)在线全文阅读。