pymol使用笔记(3)

3、单击Set grid 来进行空间格点设置。 4、run。

5、Visualization(1)-Molecular Surface，先调整正电和负电“等势”场至所需值（钙调素可选6左右），复选（color by potential on So. Acc. Sur.） , 点“show”。

分链作图

用pymol保存分子，然后分别算pqr。

动画

Pymol出动画图方法

Pymol每秒30帧，可以支持120帧，最多4秒动画。

让分子横向转360度/4S：movie-program-camera loop-Y Roll-4s另存为png。超过120张图，可以手工抽选图。

手工抽图方法

删除奇数文件的方法，可以先用拖把更名器，以增量为5批量重命名文件，再用xplorer2，查找5.png，然后删除（菜单里的删除，同时按住shift可以彻底删除）。

每帧都被光线追踪

应打开帧的光线追踪，关闭并清除缓存： set ray_trace_frames=1 set cache_frames=0 mclear

预览动画时不要开ray，否则很慢，如已经开了，可关闭：set ray_trace_frames=0

友立GIF动画使用

先打开第一幅图像，然后添加其余图像，注意有个选项是添加到帧，要选上。选中所有帧后右键画面帧属性，延迟越小，动画越快。默认为10，和网页中的速度是一样的，网页中最快为6，小于6就=10了。如果为了软件中和实际使用效果一样的话，选默认值10，如果要加快速度，可以删除一部分帧，或者采用6。 背景色问题

有时候自动优化后的背景色会变，程序中背景色可调。 改变背景色方法：

点标签-优化，鼠标光标移动到图像背景上会变成吸管状，左键点击一下，这时调色板中右

边的多个按钮解除灰色状态，变为可用，左边上数第二个是编辑当前单元，点击它，选windows颜色拾色器-白色，背景就换成白色的了。 手动设定优化参数：

文件-优化向导-选保留每一帧的调色板，背景色不会发生改变了，但是文件的大小可能增加，颜色和抖动都默认选最高，自动优化的颜色和抖动的设定值都是最高的。

Pymol教程与实例

合用的教程分类

1、教程文件名：tutor-PyMOL-2005-Create 2009 From Sinica.zip 作用：制作surface、电子密度、氢键

内容：包含所有必需文件，最好的是有pml文件及步骤解说ppt 命令含义查询（Wiki） http://pymolwiki.org/index.php/Cartoon

使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较

请问诸位结构生物学的高手~~是不是可以用pymol将两个蛋白（同一family的）的某一个α-helix重叠以比较其他部分的差异呢~？ PS：我在coot上面实现了这个，但是把文件用pymol打开之后发现两个α-helix是平行的而没有重叠??好吧大囧~该怎么办呢。。。。？

在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！

怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。

我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。

是的。师姐就是教我用的这种方法可是两个cylinder就是合并不到一起去。 3楼正解~

evaluation版的不能align

抱歉，刚学习使用中，请问该如何选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名呢？

label驴子笔记

在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。 label的命令格式如下：

Pymol> label [selection, [expression]] selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi, chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行：

Pymol> label selection, \

在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的binding pocket标注出来： 首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。 Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmp Pymol> extract upg, chain b Pymol> extract pro, chain a Pymol> delete tmp

Pymol> select near, pro within 4.5 of upg Pymol> hide all

Pymol> show sticks, upg Pymol> show lines, near

Pymol> label near, (\设定显示格式。

上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。

在这之前，让我们先看一下关于label的其他设置： 投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label本身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）: Pymol> set label_shadow_mode, 3 文字颜色：

Pymol> set label_color, color-name, selection

标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能： Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]

字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的： Pymol> set label_font_id, 5

字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是?： Pymol> set label_size, -0.5 Pymol> set label_size, 4

设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：

Pymol> set label_position, (x,y,z)

最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。 首先在$HOME/.pymolrc中加入： # start $HOME/.pymolrc modification

single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \\ 'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \\ 'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \\ 'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'} # end modification

用法，用single[resn]代替resn：

Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn] 下面是改进过的图片：

是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：

Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520 Pymol> as cartoon, pro

Pymol> 鼠标操作：显示near的sidechain Pymol> set_color grey1, [224,224,224] Pymol> set cartoon_color, grey1

Pymol> set cartoon_transparency, 0.3 Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1

Pymol> label n. CB and near, (\

Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置 Pymol> set cartoon_transparency, 0.3 Pymol> set label_font_id, 13 Pymol> set label_size, 26 Pymol> bg_color white

Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离 Pymol> set dash_length, 0.015 Pymol> set dash_radius, 0.015 Pymol> set dash_gap, 0.6 Pymol> set dash_color, grey

显示氢键（活性中心）

load t2a.pdb,t2a

select active,(resi 538+542 and not (name n,c,o)) disable active hide line show cartoon show sticks,active

set cartoon_fancy_helices,1 set cartoon_highlight_color,blue

set_view (\\

0.297146499, -0.849742353, -0.435482234,\\ -0.902210355, -0.100546859, -0.419422388,\\ 0.312610298, 0.517525256, -0.796518862,\\ -0.000007910, 0.000031451, -47.426128387,\\ -8.894819260, 1.972803473, 1.153258324,\\ 17.733728409, 77.119361877, 0.000000000 )

distance 542/oe1,538/ne distance 542/oe2,538/nh2 hide labels, dist01

label (542/oe1), \label (538/ne), \set label_font_id,4

用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令

相关搜索: 蛋白质, create, within, 中心

一直有个问题困扰我，用autodock或者vina计算出来的配体的构象虽然能够在autodock里面查看它和周围残基的相互作用。但是非常难于查找具体的pocket周围的其它信息。最近在学习pymol，pymol里面的一个命令非常好的满足我的需求。以protein data bank里面的4DXD蛋白质为例来分享这个命令：下载4dxd.pdb这个文件到自己的工作目录。 > load 4dxd.pdb

> create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc (这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5 A的氨基酸，生成一个pocket， 9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）

> show sticks, pocket (将pocket的残基显示cheng棒状）

> hide lines (隐藏4dxd蛋白质的line，这样pymol只显示pocket的残基） 因为找到了这个口袋的残基并且很清楚的显示出来，甚至可以做后续的处理，比方说观察它的氢键受体和给体的分布情况等等。

如果想找自己计算的配体周围的残基，上面的命令可以改成

> create pocket, byres (你的蛋白质名称，当然你先要load进去）within 5 (这个参数你可以自己选择你需要的，3A，4A或者5A等等）of (你load进去的配体的文件名）

其他结构描述方法

Contact table 基本知识

Contact distances are the following maximum allowed values: （来自CCP4 mail）

C-C, 4.1 ?; C-N, 3.8 ?; C-O, 3.7 ?; O-O, 3.3 ?; O-N, 3.4 ?; N-N, 3.4 ?; C-S, 4.1 ?; O-S, 3.7 ?; N-S, 3.8 ?.

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