pymol使用笔记(5)

又把水删掉，用CNS做了一下模拟退火，现在除了一个所有链都有的outlier已经基本没事了，再加上水就可以了。

关于加水呢，有两种方式，一种是用phenix加水，另一种是用cns加水。phenix修正加水会使rfree 稍升高，CNS 加水的功能又不如phenix强大。有一种compromise呢是用phenix只加水，不修正。不过我看了phenix tutorial 也没有发现那个命令~~ 各位大侠有没有知道的啊？ 据我们老板说可以编辑phenix命令脚本里面的macro-molecule等于0 可是我不知道怎么看那个脚本~~ 求教各位~~

高考阅卷得到的收获

1、阅完卷儿之后发现修结构啊什么的的单调性简直就是小菜一碟，阅卷那才是真正的重复性劳动，是对耐性的强力考验啊！ 阅到最后差点没吐了~

2、以后不管什么考试都要把字写工整了，难看甚至是看不清楚的字在阅卷老师眼里看起来真是有够烦。我改的一些卷子看着都看不清，乱七八糟的，仔细一看竟然是满分，当时给满分给的那叫一个不痛快啊！

附录

基本知识

RMSD(Root Mean Squared Deviation)

---> 最常用来表是蛋白质结构之间差异的参数是两个结构之间原子位置的 RMSD。

---> 计算RMSD时，可以针对目标蛋白质(如: 所有的原子、骨干部份或只考虑 alpha 碳原子等等)。

---> RMSD 距离函数，以一个结构中的原子与另外一个结构中对应原子为计算标的，因此，如果两个分子在座标系统中以不同的位置开始计算，那麽不管其结构是否相似，这两者之间的 RMSD 必定相当大。也因为这样，我们为了要计算有意义的 RMSD ，两者的结构要尽可能的重叠。 ---> 因此，我们可以藉由计算 RMSD 来当作评估蛋白质结构的可信度: 因为在模拟过程中，分子会不断的发生变化，而对於我们而言，必须等到分子结构在稳定的状态下(fluctuation较小时)再进一步进行分析，这样才比较有意义。

氨基酸分组方法和代表性颜色

*表中采用的分组方法和用来区分不同组别的颜色与模型构件和三维图形软件中所用方法一致。 残基种类 残基特性 颜色 Asp (D), Glu (E) His (H), Arg (R), Lys (K) 酸性 碱性 红色 兰色 绿色 Ser (S), Thr (T), Asn (N), Gln 极性 (Q) Ala (A), Val (V), Leu (L), Ile 疏水性，带支链 (I), Met (M) Phe (F), Tyr (Y), Trp (W) Pro (P), Gly (G) Cys (C) 疏水性，带苯环 侧链结构特殊 能形成二硫键 白色 紫色 棕色 黄色 Pymol pml文件实例 C10 IQ sort

load C10.pdb

set depth_cue, off bg_color white

set cartoon_fancy_helices,1 set ray_shadows,off set stick_radius,0.2 hide everything, all

'remove resn hoh 'remove (hydro)

'create obja, chain a 'create objb, chain b

create objCaMN, chain a and resi 4-79 create objCaMC, chain a and resi 80-149

show cartoon, objCaMN show cartoon, objCaMC show surface,objCaMN show surface,objCaMC color white,objCaMN

color white,objCaMC

select nnear, objCaMN within 4.5 of chain b select cnear, objCaMC within 4.5 of chain b

select nnearbasic, nnear and resn lys+arg select nnearacid, nnear and resn asp+glu

select nnearpolar, nnear and resn ser+thr+asn+gln+tyr

select nnearnonpolar, nnear and resn met+phe+pro+trp+val+leu+ile+ala select nnearbackboneC, nnear and name c 'select nnearbackbone, nnear and name n+c+o color blue, nnearbasic color red, nnearacid color green, nnearpolar color yellow, nnearnonpolar 'or nnearbackboneC

select cnearbasic, cnear and resn lys+arg select cnearacid, cnear and resn asp+glu

select cnearpolar, cnear and resn ser+thr+asn+gln+tyr

select cnearnonpolar, cnear and resn met+phe+pro+trp+val+leu+ile+ala select cnearbackboneC, cnear and name c 'select cnearbackbone, cnear and name n+c+o color blue, cnearbasic color red, cnearacid color green, cnearpolar color yellow, cnearnonpolar 'or cnearbackboneC

show cartoon, chain b

select IQMainHybro, resi 394+398+403 and chain b show sticks, IQMainHybro

label IQMainHydro, \'select IQbasic, chain b and resn lys+arg 'select IQacid, chain b and resn asp+glu

'select IQpolar, chain b and resn ser+thr+asn+gln+tyr

'select IQnonpolar, chain b and resn met+phe+pro+trp+val+leu+ile+ala 'select IQbackboneC, chain b and name c 'select IQbackbone, chain b and name n+c+o 'color blue, IQbasic 'color red, IQacid 'color green, IQpolar 'color yellow, IQnonpolar 'or IQbackboneC

'set transparency=0.1

图像处理 批量裁剪

用xnview，先在图像上拉选取，在状态栏里看选区和原始文件的大小，决定需要裁剪多少，工具-批量转换-变换-改变画布大小-添加，设定高度宽度及位置。通用选项卡里点添加文件夹，设好输出目录及输出格式，点开始就可以了。

4个大小相同的图片排成一个

在photoshop里分别打开4个图片，每个图片都根据该图片的位置扩大画布大小，复制图层到一个图片，合并所有图层即可。

未整理

某人总结的结构解析方法：

I 分子置换法

使用condition：目标蛋白A有同源蛋白结构B，同源性30%以上。 用到的软件及程序： HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS,

解析过程： 收集数据（X-RAY）--> hkl2000 处理数据--> 置换前数据处理分子置换（ccp4 Molecular Replacement--MR） -->COOT手工修正，氨基酸序列调换 -->phenix refine--coot 手工修正 phenix refine。。。__拉氏构象图上outlier为0为之，且R-free，R-work达到足够低的值。 -->phenix 加水refine（溶剂平滑）。。。（若修正过程中有bias 最好也用CNS修正一下） II 同晶置换法--硒代蛋白

使用condition： 目标蛋白没有同源结构。

用到的软件及程序：HKL2000, CCP4, COOT, Phenix, CNS,

解析过程：收集数据（X-ray 硒代蛋白及母体蛋白）--> hkl2000处理数据 -->ccp4 程序包搜索搜索硒信号（gap），相位确定 -->搭模 --->以硒代数据得到的pdb为模型和母体高分辨数据得到的mtz进行分子置换--> 后面修正过程与分子置换相似。 各步骤介绍：

I .hkl2000：将x-ray 收集的图像编译转化为数字信息，得到的关键文件有.sca和.log ，log文件会给出hkl2000 处理的过程记录，sca文件是最终处理的输出文件。sca文件包含晶体的空间群等信息。带有可以被转化为电子密度图的信息。评价hkl2000处理是否成功的参数有数据完整度，最高分辨率等，一般希望处理出在完整度允许的情况下最高分辨率的数据。 分子置换前处理：ccp4 软件包

a. data reduction，即将sca文件转换为mtz文件。 用imported integrated data。

b. cell content analysis 这个是晶体中蛋白聚集体数的分析， 通过分析晶体含水量得到一个晶胞内的蛋白分子数。用mtz文件进行。含水量在40%-60%之间时对应得n即为正确值。这个聚集体数会在mr中使用。

II. model 选取：进行分子置换的model为已知的同源蛋白结构或硒代得到的pdb，对model的要求是越接近球形越好。一般用单体。从pdb库中下载了pdb后可以用vim编辑，选取自己想要的那一段做model。 III. 分子置换：ccp4 软件包

MR 以选取好的model.pdb为模板，对mtz文件进行分子置换，这时要修改的程序参数为在晶体中寻找的model的个数，及分子量，model的个数通过N值来计算，如果model为单体的话，model个数即为n值。 MR之后会得到一个pdb，一个mtz（电子密度图）。 IV.修正：

COOT 修正：在coot中同时打开pdb和mtz，手工用命令将pdb残基突变为自己氨基酸的序列，并将氨基酸残基放入密度中。

phenix 修正： 命令 phenix.refine protein.sca protein.pdb

修正完成后会得到 一个protein—refine.pdb, 一个 protein_refine.coeff.mtz, 一个data.mtz。 其中pdb文件即为目标pdb，coeff.mtz为相应的电子密度图，data.mtz在第二轮coot手工修正后再phenix的时候代替sca的位置。 phenix加水 溶剂平滑修正 对于结构质量的评价标准：

拉氏构象图：outlier的数量要为0~（ coot中看到）

R-work 和R-free 的值，越低越好~（这个参数可以在phenix之后的.sol 文件中看到） 总结：HKL2000-->.sca-->data reduction-->.mtz--> cell content analysis(n)-->MR--> .pdb, .mtz-->coot mutation--> phenix1（--pick out good chain-->MR2 --> phenix2 ）--> coot-->phenix......(CNS)...... phenix+water..... *（）中是我根据自己的修正加上去的，仅供参考 硒代相位的确定以后再补吧~ 太长了 目前我的修正就走到这里

结构修正时遇到的问题和用到的小tips：

1. 前面说过，结构是N聚体的话看拉氏构象图上红点的位置太多，很乱，希望可以每条链单独看。不知有什么办法。

一个小tips就是用VIM把pdb截成单链，分别打开修正。这样拉氏上就会只显示一条链的红点了。

这样的问题就是，如何再合并呢？这有一个命令，是一个师姐传授的 哈哈

cat a.pdb b.pdb > c.pdb 命令的意思就是 把a和b合并，并将合并后的pdb命名为c。 2. 有些结构在某些残基处密度特别乱，如果这个结构是N聚体，可以挑密度最好那条链如A chain的位置修，修完了之后别的链全都照着A的样子修，照葫芦画瓢，这样八成修出来都是对的。

这时候照着修有2种办法：

（1）在coot中将两条链进行ssq最小二重叠合，然后在密度上将不好的链的氨基酸手工拉到与good chain一致的位置上，不用管当时看着多么乱，只要每个氨基酸残基的位置都放对了就行。然后从2个包含了这段乱序列的远端正确氨基酸处进行 是空间修正。 这样立马就会有magic。

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