pymol使用笔记

做了几年的蛋白质结构，结构解析只懂一点皮毛，现在基本改行了。前年为了发文章，自学了pymol，也能做一些图。结构解析自学比较困难，网上资料很少，尤其是中文的软件应用技巧，本文是学习过程中的一些笔记，主要是pymol的，有些部分是从网上搜的网友心得，发到百度文库，供大家参考，希望高手指正，同时表达对热心网友的感谢。

Pymol的笔记 ................................................................................................................................... 3

软件安装与初始设置 ............................................................................................................... 3

Pml格式的右键菜单 ....................................................................................................... 3 软件使用难题与Bug ....................................................................................................... 3 单字母标记氨基酸残基Windows用户 .......................................................................... 3 基本知识 ................................................................................................................................... 4

景深 ................................................................................................................................... 4 全屏 ................................................................................................................................... 5 通用命令 ................................................................................................................................... 5

例一 ................................................................................................................................... 5 结构显示细调 ........................................................................................................................... 5 选择 ........................................................................................................................................... 6

选择原子 ........................................................................................................................... 6 选择侧链 ........................................................................................................................... 6 选择骨架上的原子 ........................................................................................................... 6 选择钙离子 ....................................................................................................................... 6 选择范围内原子 ............................................................................................................... 6 从选择的原子扩展到残基 ............................................................................................... 7 color .......................................................................................................................................... 7

彩虹色（反彩虹色用：rainbow_rev） ........................................................................... 7 颜色举例 ........................................................................................................................... 7 label ........................................................................................................................................... 7

label字体 .......................................................................................................................... 7 设定label距离 ................................................................................................................. 7 label举例 .......................................................................................................................... 7 label氨基酸残基 .............................................................................................................. 8 氢键 ........................................................................................................................................... 8

氢键概念 ........................................................................................................................... 8 目前使用的氢键做法： ................................................................................................... 8 各种方法氢键数量比较 ................................................................................................... 8 氢键做法汇总 ................................................................................................................... 9 结构叠加比对 ........................................................................................................................... 9

Align命令用法 ................................................................................................................. 9 Wiki中的\命令 ....................................................................................................... 9 静电势APBS（目前没有大问题） ...................................................................................... 10

各种静电势方法总结 ..................................................................................................... 10 安装 ................................................................................................................................. 10 精简的步骤 ..................................................................................................................... 10

分链作图 ......................................................................................................................... 11 动画 ......................................................................................................................................... 11

Pymol出动画图方法 ..................................................................................................... 11 手工抽图方法 ................................................................................................................. 11 每帧都被光线追踪 ......................................................................................................... 11 友立GIF动画使用 ........................................................................................................ 11

Pymol教程与实例 ......................................................................................................................... 12

合用的教程分类 ..................................................................................................................... 12 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较 ............................................................................ 12 label驴子笔记 ........................................................................................................................ 12 显示氢键（活性中心） ......................................................................................................... 14 用来寻找配体口袋的残基的一个pymol命令 ..................................................................... 15 其他结构描述方法 ......................................................................................................................... 15

Contact table ........................................................................................................................... 15

基本知识 ......................................................................................................................... 15 用CCP4 NCONT ........................................................................................................... 16 用CCP4 CONTACT/ACT ........................................................................................... 16 Interface .................................................................................................................................. 16

用PISA做结合分析 ...................................................................................................... 16 计算BSA的软件讨论 ................................................................................................... 16 Ligplot ............................................................................................................................. 17 静电势DelPhi（有问题） ..................................................................................................... 17

DelPhi v.5.1使用方法 .................................................................................................... 17 Pymol打开DelPhi电势文件 ........................................................................................ 18 Grasp2打开DelPhi电势文件 ....................................................................................... 18

修结构方法搜集 ............................................................................................................................. 19

修结构刚开始据说是要先修主链 ................................................................................. 19 修结构的时候发现 侧链越大的氨基酸残基越容易在密度中找到正确的位置. ...... 19 修结构重在整体形象。 ................................................................................................. 19 修结构新番总结 ............................................................................................................. 20 过度修正 ......................................................................................................................... 20 认清身边有毒的朋友 ..................................................................... 错误！未定义书签。 高考阅卷得到的收获 ..................................................................................................... 21

附录................................................................................................................................................. 21

基本知识 ................................................................................................................................. 21

RMSD(Root Mean Squared Deviation) .......................................................................... 21 氨基酸分组方法和代表性颜色 ..................................................................................... 21 Pymol pml文件实例 .............................................................................................................. 22

C10 IQ sort ...................................................................................................................... 22 图像处理 ................................................................................................................................. 24

批量裁剪 ......................................................................................................................... 24 4个大小相同的图片排成一个 ...................................................................................... 24

未整理............................................................................................................................................. 24

某人总结的结构解析方法： ......................................................................................... 24

结构修正时遇到的问题和用到的小tips： .................................................................. 25 分子置换的步骤 ............................................................................................................. 26 COOT中添加小分子的方法 ......................................................................................... 26 如何画出氢键 ................................................................................................................. 26

Pymol的笔记

软件安装与初始设置

安装python先，在windows7里msi右键中没有“以管理员权限运行”的选项，写一个批处理（.bat文件）来运行msi进行安装，bat文件有这个选项。 .bat文件内容如下：（D:\\Temp\\，是msi文件的目录，pyt.msi是msi文件名，pyt是为了方便， pymol安装用的msi文件名的简写） msiexec /i D:\\Temp\\pyt.msi

新版的pymol安装在python27目录下，pymolrc文件需要拷贝到\，启动文件为PyMOL目录下的pymol.exe。

如果不能加载pymolrc，可以运行PyMOL目录下的pymol.cmd，再不行就试运行一次C:\\Python27\\Scripts\\pymol.cmd。

Pml格式的右键菜单

后缀名为pml的文件，打开方式可以用普通方法设定。 windows7下右键菜单添加“编辑”，并将“编辑”关联为记事本的方法如下：

在注册表编辑器里，HKEY_CLASSES_ROOT>pml_auto_file-shell下建立新项：edit，再建立新项：command，值为：

\

软件使用难题与Bug

2013年12月31日在联想E49，Win7下安装1.61beta版，bg_color white设定背景色后，label就不显示了。

单字母标记氨基酸残基Windows用户

windows下不能建立.pymolrc文件，认可的文件名是：'pymolrc', 'pymolrc.py' or 'pymolrc.pym' 从本博文下载附件（pymolrc）后拷贝到安装目录即可,无需后缀名。

1.6版的PyMOL目录下还有一个. pymolrc_example文件，也包括单字母氨基酸的命令。

pymolrc文件里起作用的是这一段 # start $HOME/.pymolrc modification

single ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \\ 'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \\ 'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \\ 'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'} # end modification

使用时用single[resn]代替resn即可，例如 1.标记第77号残基，标出残基号和残基名：

PyMOL>label resi 77 and name ca, (\设定显示格式。 三字母格式

PyMOL>label resi 77 and name ca, (\% (single[resn], resi)##(\设定显示格式。 单字母格式

基本知识

1. 几乎所有修饰都可以在菜单setting下面的set all里更改 2. 文件操作

load ****.pdb 3. 氢原子，水

氢原子：remove hydro 加氢：h_add 水：

4. 对象和选择的on/off

5. 选择、抽出还是新建对象？

'png F:/BioData/IQCGStructures/Orientation/test.png

'save F:/BioData/IQCGStructures/Orientation/test.pse,format=pse

log_open test.pml log_close hide labels util.cbc

util.cbak util.cbac util.colors util.cbab util.cbaw util.cbap util.cbc util.mrock util.cbas util.chainbow util.cbao util.cbag util.rainbow util.cnc util.cbam util.cbay util.mroll util.ss

景深

全屏

cmd.full_screen('on')

通用命令 例一

load C10.pdb

set depth_cue, off bg_color white

set cartoon_fancy_helices,1 set ray_shadows,off set stick_radius,0.2 hide everything, all

'remove resn hoh 'remove (hydro)

结构显示细调

雾气调节：滚动鼠标中键

背景色：菜单命令或者：bg_color white 球的大小：set sphere_scale 1

label的字体大小调节：菜单上有

螺旋和sheets的反面与正面颜色不同 set highlight cartoon

将会使beta条带和loop沿骨架的正确路径延伸并给出更精确的结构描述 set cartoon_flat_sheets, 0 set cartoon_smooth_loops, 0 有管状边的Ribbon螺旋

set cartoon_fancy_helices, 1 #开启fancy helices beta-sheet厚度和宽度 set cartoon_rect_width, 0.2 set cartoon_rect_length, 1.4 Stick粗度

set stick_radius,0.2 Ray无阴影

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