信号通路相关文献挖掘与分析方法研究(3)

ＡＢＳＴＲＡＣＴ

，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｉｓａｎｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐｌｉｎａｒｙｓｃｉｅｎｃｅｔｈａｔｄｅａｌｓｗｉｔｈｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｄａｔａｂｙ

ｍｅａｎｓｏｆｓｔｏｒｉｎｇ，ｓｅａｒｃｈｉｎｇａｎｄｐｅｒｆｏｒｍｉｎｇａｎａｌｙｓｉｓｗｉｔｈｔｈｅｐｏｗｅｒｏｆｍｏｄｅｍｃｏｍｐｕｔｅｒｓ．Ｎｏｗｗｉｔｈｔｈｅｅｘｐｌｏｓｉｖｅｇｒｏｗｔｈｏｆｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｓ，ｔｈｅｒｅｈａｖｅｂｅｅｎａｌｏｔｏｆｉｎｔｅｒｅｓｔｓｗｉｔｈｉｎｔｈｅｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃｃｏｍｍｕｎｉｔｙ

ａｉｎｈｏｗｔｏｃａｐｔｕｒｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｆｒｏｍｔｈｅｖａｓｔｃｕｒｒｅｎｔｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｓｉｎｆｏｒｍｓｕｉｔａｂｌｅｆｏｒａｎａｌｙｓｉｓｂｙｃｏｍｐｕｔｅｒ．Ａ

ｃｅｎｔｒａｌｐｒｏｂｌｅｍｉｎｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｉｓｔｏｄｅｓｉｇｎｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ－ｍｉｎｉｎｇｔｏｏｌｓｔｏｆｉｎｄｔｈｅ

ｔｏｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｋｅｙ－ｗｏｒｄｓｒｅｔｒｉｅｖａｌｎｕｇｇｅｔｓｏｆｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｆｒｏｍｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｓ．Ｃｏｍｐａｒｉｎｇ

ｍｅｔｈｏｄ，ａｄｖａｎｔａｇｅｓｏｆｔｈｅｓｅｔｏｏｌｓａｒｅａｐｐａｒｅｎｔ：ｆａｓｔ，ａｕｔｏｍａｔｉｃａｎｄｅｆｆｉｃｉｅｎｔｉｎｔｉｍｅａｎｄｌａｂｏｒｒｅｓｏｕｒｃｅｓ，ｅｓｐｅｃｉａｌｌｙｉｎｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅａｒｔｉｃｌｅａｎａｌｙｓｉｓ．

Ｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙｉｓｔｈｅｓｕｂｓｔａｎｃｅ

ａｏｆｃｅｌｌｓ’ｒｅｓｐｏｎｓｅｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｔｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ．ＩｔｐｌａｙｓｃｒｕｃｉａｌｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｒｏｌｅｓｉｎｖａｒｉｅｔｙｏｆｃｄｌａｌａＩ

ａｎｄｐｒｏｃｅｓｓｅｓ，ｉｎｃｌｕｄｉｎｇｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，ｃｅｌｌ

ｐａｔｈｗａｙｈａｓｂｅｅｎｃｙｃｌｅ，ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ，ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎｏｎｅａｐｏｐｔｏｓｉｓ，ｅｔｃ．Ｓｉｇｎａｌｏｆｔｈｅｍｏｓｔ

ａｒｅｃｏｎｃｅｒｎｓｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏｇｙｉｎｒｅｃｅｎｔｙｅａｒｓ．Ｂｕｔｌｏｔｓｏｆｖａｌｕａｂｌｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｄｉｓｐｅｒｓｅｄｉｎｖｏｌｕｍｅｓｏｆｌｉｔｅｒａｔｕｒｅ．Ｉｔ’Ｓｑｕｉｔｅｔｉｍｅｔｏ

ｃｏｌｌｅｃｔｔｈｉｓｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｒｅｌａｔｅｄｗｉｔｈｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙｔｏｕｎｄｅｒｓｍｎｄｔｈｅｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙ．

Ｉｎｔｈｉｓｄｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎ，ｓｏｍｅｏｒｉｇｉｎａｌｒｅｓｅａｒｃｈｗｏｒｋｂｙｔｈｅａｕｔｈｏｒ

ａｓＣａｎｂｅｆｏｒｍｕｌａｔｅｄｆｃｌｌｌｏｗ：

１．Ｏｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｓｏｎｅｔｈｅｒｅｓｕｌｔｏｆｓｉｇｎａｌｐａｔｈｗａｙ，ａｎｄｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓ

ｏｎｐｌａｙｐｉｖｏｔｒｏｌｅｓｉｎｔｈｉｓｐｒｏｇｒｅｓｓ．ＡｌｉｔｅｒａｔｕｒｅｍｉｎｉｎｇｍｅｔｈｏｄｂａｓｅｄＢａｙｅｓｉａｎｉｓ

ｆｉｒｓｔｐｒｏｐｏｓｅｄｔｏｒｅｔｒｉｅｖｅａｒｔｉｃｌｅｓｄｅｓｃｒｉｂｉｎｇｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｓｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒ．Ｂｙ

ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｌｙｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇｗｏｒｄｓｔｈａｔｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅ

ｅａｃｈｎｅｗａｂｓｔｒａｃｔｃａｎｒｅｌｅｖａｎｔａｂｓｔｒａｃｔｓｆｒｏｍｏｔｈｅｒａｂｓｔｒａｃｔｓ，ｓｃｏｒｅｔｈｅｎｂｅａｓｓｉｇｎｅｄａｌｏｇｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄｆｏｒｄｉｓｃｕｓｓｉｎｇｂｉｎｄｉｎｇｓｉｔｅｏｆｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎｆａｃｔｏｒｓ，Ｗｅｊｕｓｔａｔｔｅｓｔｔｈａｔｔｈｉｓｍｅｔｈｏｄｉｓ

ｏｎｓｉｍｉｌａｒｗｉｔｈｃｌａｓｓｉｃａｌｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｒｅｔｒｉｅｖａｌｍｅｔｈｏｄｗｈｉｃｈｉｓｂａｓｅｄＴＦ／ＩＤＦｔｈｅｏｒｙ．Ｔｈｅｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙｏｆｔｈｉｓ

ｍｅｔｈｏｄｉｓｉｍｐｒｏｖｅｄｇｒｅａｔｌｙｂｙｃｏｍｂｉｎｉｎｇｗｉｔｈｒｅｌａｔｅｄａｒｔｉｃｌｅｓｍｅｔｈｏｄｏｆ

ＴｈｅｒｅｃａｌｌｒａｔｅａｎｄｐｒｅｃｉｓｉｏｎｒａｔｅｏｆＯｕｒｍｅｔｈｏｄ

ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌｋｅｙ－ｗｏｒｄａｒｅＰｕｂＭｅｄ．９１％ａｎｄ４５％，ｗｈｉｃｈｏｕｔｐｅｒｆｏｒｍｓ

ＰｕｂＭｅｄｍｅｔｈｏｄ（ｒｅｃａｌｌａｒａｔｅ＜＝８３％ａｎｄｐｒｅｃｉｓｉｏｎｒａｔｅ＜＝２６％ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅ）．Ａｌｔｈｏｕｇｈｏｕｒｍｅｔｈｏｄｈａｓｌｉｔｔｌｅｌｏｗｅｒｒｅｃａｌｌｒａｔｅｔｈａｎｓｏｌｅｒｅｌａｔｅｄａｒｔｉｃｌｅｓｏｆ

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