信号通路相关文献挖掘与分析方法研究(11)

信号通路相关文献挖掘与分析方法研究第１章绪论蛋白质变化，最终调节细胞功能，此过程称为信号转导通路，简称为信号通路。

从各种信号最终所导致的行为和功能来看，信号通路几乎渗透于所有的细胞生命活动：代谢、分裂、分化、功能、凋亡。Ｓｃｉｅｎｃｅ的ＳＴＥＫ（ＳｉｇｎａｌＴｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎＫｎｏｗｌｅｄｇｅＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ）和Ｎａｔｕｒｅ的（ＮａｔｕｒｅＳｉｇｎａｌｉｎｇＧａｔｅｗａｙ）等专业的数据库提供了信号转导机制等的最新进展和已有知识的搜集整理，对于我们全面了解信号转导通路提供有益的帮助。以下是比较常见的与信号通路密切相关的数据库。

存放信号通路的数据库：

ＳＴＥＫ（ｈｔｔｐ：／／ｓｔｋｅ．ｓｃｉｅｎｃｅｍａｇ．ｏｒｅ，／）

ＳｉｇｎａｌｉｎｇＧａｔｅｗａｙ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｉｇｎａｌｉｎｇ－ｇａｔｅｗａｙ．ｏｒｇ／）

ＫＥＧＧＩｓｌ（ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｊｐ／ｋｅｇｇ）

Ｂｉｏｃａｒｔａ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｃａｒｔａ．ｃｏｍＤ等

存放磷酸化位点信息的数据库：

Ｐｈｏｓｐｈｏ．ＥＬＭ／ＰｈｏｓｐｈｏＢａｓｅ［引（ｈｔｔｐ：／／ｐｈｏｓｐｈｏ．ｅｌｍ．ｅ１１．ｏ，ｇ／）

ＰｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎＳｉｔｅＤａｔａｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｖｉｇｅｎ．ｂｉｏｃｈｅｍ．ｖｔ．ｅｄｕ／ｘｐｄ／ｘｐｄ．ｈｔｍ）

ＰｈｏｓｐｈｏＳｉｔｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｈｏｓｐｈｏｓｉｔｅ．ｏｒｇ／Ｌｏｇｌｎ．ｊｓｐ）等

。存放转录因子结合位点的数据库：

Ｔｒａｎｓｆａｃ［１０】（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｅ－ｒｅ盟ｌａｔｉｏｎ．ｃｏｍ／ｐｕｂ／ｄａｔａｂａｓｅｓ．ｈｔｍｌ＃ｔｒａｎｓｆａｃ）

ＴＲＲＤ［１“（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗｍｇｓ．ｂｉｏｎｅｔ．ｎｓｃ．ｒｕ／ｍｇｓ／ｇｎｗ／ｔｒｒｄ／）等

将这些资源整合以及阐释这些信号通路在各种疾病特别是癌症中的作用，是一项非常有意义的工作。

本人在读博期间的主要研究内容是利用文献挖掘技术从ＰｕｂＭｅｄ数据库中挖掘与信号转导相关文献（主要是转录因子结合位点文献和磷酸化位点文献），并利用搜集的数据，通过统计建模的方法（如布尔逻辑法，贝叶斯决策法等），从序列信息（蛋白质序列）或基因表达数据（基因芯片）中提取出重要的生物学信息（如激酶的磷酸化底物信息、癌症芯片中异常的转录因子和信号通路信息）。将有助于我们进一步理解信号通路与疾病的关系。

本文的主要研究内容包括以下四部分：

１．信号通路的基础知识本文第二章对信号通路的基本概念、功能、主要组成部分以及与癌症的关系

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