前面已经提到，从我国《公司法》第 199 条之立法精神来看，适用公司登记撤销只是对虚报注册资本、提交虚假材料和采取其他欺诈手段隐瞒重要事实等情形达到情节严重的程度且不足以通过责令改正、行政罚款等措施予以补救的最后可供选择程序。就公司登记机关对《公司法》第 199 条所定不同情形与适用措施的法律意义和社会效果而言，责令改正、行政罚款之决定重在对当事人的惩戒，如当事人通过事后的补救、改正，使其公司实质情形与公司登记事项吻合一致，则公司可继续存续，此时无论对公司原始出资人、公司本身、公司职员、公司交易第三人、国家税收均是多赢的结果；反之，如果选择适用公司设立登记撤销程序，由于公司设立登记撤销效力可溯及至公司设立之时，其产生的法律效果又具有不可回复性，是对公司设立登记行为的根本性否定，公司设立登记撤销的行为性质与法律意义决定了其对已成立的瑕疵公司及原始出资人影响极大，而且也在一定程度上危及交易的安全，其对公司原始出资人、公司本身、公司职员、公司交易第三人、国家税收，为一损俱损的结局。换言之，选择适用公司登记撤销程序，既是最后被迫选择的程序，也是最具消极和负面影响的程序。正因为如此，公司登记机关在适用该程序时应十分审慎。在公司登记机关作出撤销公司设立登记决定之前，如通过责令改正、行政罚款等前置惩戒措施，督促违法当事人亡羊补牢，并通过更正登记、补充登记或变更登记等程序，对因虚报注册资本、提交虚假材料和采取其他欺诈手段隐瞒重要事实等情形导致的公司设立登记中的瑕疵事项进行及时的补正，使其名副其实，这样无论从促进营业效益，还是从维护交易安全的角度，均是比较妥当的。
以上所论仅涉及到公司设立登记中的实质瑕疵而适用撤销制度，推而论之，从更为广泛意义上讲，如《公司法》第 199 条所列举的公司瑕疵登记情形发生在公司设立后的变更登记过程中，其瑕疵登记内容也只涉及到因申请人虚报注册资本、提交虚假材料和采取其他欺诈手段隐瞒重要事实导致的新增登记事项失实，如该登记事项无法通过登记变更程序予以纠正，为维持公司的有效营业，法律救济所针对的也应只及于因虚报注册资本、提交虚假材料和采取其他欺诈手段隐瞒重要事实导致的新增登记事项，而不可否定之前合法而有效的登记事项。如适用公司登记撤销程序，则既可使因虚报注册资本、提交虚假材料和采取其他欺诈手段隐瞒重要事实导致的新增瑕疵登记事项而归于无效，又不影响到瑕疵变更登记前公司的合法登记事项和既有的正常营业，对公司之相对交易人来说则更为有利；而如适用吊销营业执照，则意味着该公司将因丧失继续营业的资格被强制解散，公司将按照清算程序并以有限清偿原则了结公司债权债务，这样可能对公司债权人反而不利。由此，与公司设立登记中的实质性瑕疵一样，在涉及公司变更登记中的实质性瑕疵，适用公司登记撤销程序比适用吊销营业执照要更为合理、适当而有效。可见，尽管 2005 年《公司法》第 199 条，解决了《公司法》与《公司登记管理条例》之间的协调与一致等问题，但就法条的适用情形和实施的法律效果来看，1993 年《公司法》第 206 条的规定要更合理、妥当、可行些。基于此，笔者建议对《公司法》199 条作如下修改：虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以五万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记；如属公司设立登记，则公司登记机关在作出撤销公司设立登记决定时，应同时追缴已核发的营业执照。与此同时，《公司登记管理条例》也应作出相应的修改。
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