2、政府采购最低限额的规定方面
《政府采购协议》规定各缔约方的中央政府机构采购合同的限额为13万特别提款权④，而地方政府机构和政府下属机构由各缔约方自行规定。依据国际惯例，地方政府的采购合同起始限额均高于中央政府采购合同的起始限额。我国目前尚无统一的采购限额规定，而各地实际操作的限额一般都较低，如上海市《2000年政府采购目录》规定：单项采购金额超过5万元或以一级预算单位汇兑统计年批量采购超过100万元的货物；合同金额超过100万元的土建、安装、装饰、市政道路等各类工程；单项金额超过50万元的服务。这意味着一旦我国加入WTO《政府采购协议》，上述所列超过5万元、50万元、100万元的政府采购市场都将对其他缔约方开放，这样的规定对保护本国企业而言显然是很不利的，也与国际上通常做法相。
3、 政府采购机构的确认方面
目前，各地政府采购大多数由地方政府协调有关部门参加组成政府采购委员会，在财政部门设立政府采购中心。这两个机构在实践中既可以审查采购主体资格，又可以在供货合同由采购单位和供应商商定的情况下，以监督方身份承担见证职责。这实际上就等于承负可能出现的经济纠纷的责任，因而这两个机构实质上既是政府采购组织者，又是政府采购管理者，在市场经济中既扮演采购员，又兼裁判员，这种身份上的双重性，必然导致职责上的混淆。因此，这样的组织形式在法律和行政体制方面如何定位、职责如何衡量，都是需进一步解决的问题。
4、 预算管理形式方面
目前，全国各省、市的政府采购工作大多是经地方政府批准，由财政部门组建采购中心进行日常操作。采购中心一般为全额拨款的事业单位，但也有部门地区确定为自收自支的（或定额补助）事业单位，还有的地方采取在财政局相关处室基础上“两块牌子，一套人马”的安排，而机构组织形式和经费来源的不同，必然在相关程度上决定着政府采购中心在工作中“扮演角色”的不同，以及介入程度的深浅，这种经费上的自助自支方式可能使采购中心因关注自身利益而不能保持公平、公正地安排采购活动。
5、 采购方式方面
我国《投标招标法》规定的招标方式包括公开招标和邀请招标，而WTO《政府采购协议》规定的招标方式包括公开招标采购、选择性招标采购、限制性招标采购和谈判式招标采购四种。从范围上看，我国招标方式更为狭小，选择余地小，对开放后的中国市场不利。
6、 质疑程序方面
我国大部分地方立法只规定了一旦发生纠纷可以向政府采购管理办公室投诉，但没有规定投诉的程序，投诉的期限、质疑受理机构及采购过程中断等问题也未作明确规定。
三、 创新我国政府采购制度的基本构想
（一）、建立政府采购制度的目标原则
实行政府采购的根本目标就是要节约财政支出，实现货币价值的最大化，同时，促进资源的优化配置。为此，政府采购制度必须遵循以下总原则：
1、公开、公平、公正原则。其基本要求是：政府采购过程必须向社会公开，不得对供应商采取歧视政策和地区封锁，采购人与供应人在采购过程中处于平等地位，必须严格依照法律规定程序进行采购。
2、效益原则。政府采购的客观效果是节省政府开支，在从事采购活动中讲求经济和社会效益，要求政府采购应当竞争的方式，通过竞争使财政性资金的使用效益最大化。
3、维护社会公众利益原则。财政性资金属公共资财，其使用必须符合社会公众的利益。首先，财政性资金在使用方向上要把社会公众的利益放在首位，要加大对公众事业的投入；其次，政府在采购日常用品时应当有利于增进公共福利，注意社会效益。
4、适应市场经济发展需要原则。建立政府采购制度是强化财政智能、加强财政宏观调控的需要。建立社会主义市场经济体制，需要建立健全相应的宏观调控体系，财政作为一种重要的财政手段也要实现面向市场的转变，并不段健全和完善。而建立政府采购制度是健全规范财政支出政策的中心内容，尤其是我国财权分散、财政智能枝解、弱化的情况下，就显得更为迫切。
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