Materials-Studio 论坛问答全集(3)

比如，交一个作业到服务器，算完以后，服务器的cpu利用率变为0，然后

由于网络原因，服务器数据往回传输的时候突然断网，这样可能数据就无法传回来了

由于传送指令发过一次以后，服务器相关的数据目录就发生变化，因此，在网络好的时候选择achieve，可能数据仍是不完整的。

第二：交完作业以后，网络就断了，在这个过程中作业因很多原因死了，cpu利用率为0，此时如果网络好了，在连接服务器，状态不

是完成状态，所以可能一直是runing状态，因此不会有结果。 如果服务器和客户端是一个机器，也可以发生第二种情况。 27、请问：

在CASTEP计算中，k point设置不同，对计算结果有什么影响？ k point设置表示什么？

如设置为4乘4乘4，和设置成9乘9乘6有什么不同，区别在哪？

答：很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查k网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比

较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很

少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅 需要一个（移动后的）k点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在

Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z方向上有1个k点。甚至可以增加晶格参数c，这样即使对精

细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，不要忘记再把c改回）。 k点主要是用来积分计算用的 例如对于连续的波函数，实际的计算是无法采用基于函数的表达式进行计算，而是基于离散数据进行计算，所以需要将空间进行划分 ，如果空间中的离散点划分得越细，那么最后通过数值积分得到的结果就越接近体系的真实情况，如果空间的划分越粗糙，计算的结

果越不准确。k点面实际上就是在倒易空间按照a，b，c三个方向进行划分

因此用三个数值表示k点面，第一个数值越大，说明沿着a方向的数值积分点数越多，计算精度越高。在实际计算中，需要进行测试， 一般是逐渐增加k点数，计算能量收敛曲线。

对于表面相关计算，k点面中第三各数值往往取较小，一般为1或2，就是不考虑z轴方向上的周期性。 28、请教：

运行DPD模块，如果运行了1000步，结束后，想继续运行下1000步，怎么办？ 是要重新setup中，设定2000嘛？有办法让他在1000步基础上继续运算嘛？ 答：Restarting a DPD run

At the end of a DPD run and at specified intervals during the run, DPD saves a restart data file, .Dpd_rst. This

file is downloaded at the end of the run and contains the positions and velocities of all the beads. It enables you

to restart the simulation from part way through or at the end of the previous DPD run. To restart a simulation

1. Select the mesoscale trajectory document from the run you wish to restart. 2. Choose Modules | DPD | Calculation from the menu bar.

3. Load the parameters from the run you wish to restart, by double-clicking on the associated Settings file in the Project Explorer. 4. Check Restart.

5. On the Setup tab, choose whether to Reinitialize averages. 6. Change the length of the run.

Note. The time step counter is not reset between simulations. Therefore, the restarted DPD simulation will run for

the Number of steps specified on the Setup tab less the number of steps already completed.

7. If desired, specify new output options, simulation conditions and interaction parameters.

8. Press Run.

Note. The Restart checkbox is enabled only if a restart file is present. However, this file cannot be seen in the

Project Explorer window. You can use the Windows Explorer to verify that the file exists.

Note. When you restart a simulation you can modify some parameters such as the length of the run, output period

options, simulation conditions, interaction parameters, etc. However, others, such as simulation cell size, grid

spacing, cell contents, etc., must remain the same as they were before the restart. These options are disabled when Restart is checked. 勾选 restart

在点中最后那个.xtd图形文件的条件下,run 你举的例子应该把步数改为 2000 29、求教CASTEP中几何优化问题

1. 几何优化可以在多大范围内改变原子的位置啊？感觉每次优化后的位置调整不是很多啊？

2. 大家在算能带和态密度的时候的时候是用单点能计算给出能带还是几何优化给出能带啊？

另请问WINDOWS版的KEY和LINUX版的KEY能不能混用 求一个MATERIAL STUDIO 4.0的LINUX版本的KEY一个 QQ29988789 十分感谢 答：问题1

几何优化的目的是寻找压力最小的几何结构，原子位置改变不多是因为你建的构形比较合理，比如直接从软件数据库中导入的结构在

0压力下改变很小，如果加个压力就会变化大一些。 问题2

一般都是优化的时候算，如果你想算特定构形的能带或其它性质，就可以用单点能； 30、请问CASTEP计算氧化物磁性,例如CuO的,Modify--------Spin里怎么设置? Dmol 计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重度 吗?Multiplicity是设置Auto好,还是设置具体的值好?

答：Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找能量最低、最稳定的自旋多重度 31、请教关于MS castep的几个问题 希望各位大侠帮忙，

1 计算表面过程中，计算成功，但是castep结果中提示

------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

SCF loop Energy Fermi Energy gain Timer <-- SCF energy per atom (sec) <-- SCF ------------------------------------------------------------------------ <-- SCF

Initial -1.24983546E+004 5.76278315E+001 55.44 <-- SCF 1 -1.59703259E+004 -1.69750335E+000 2.89330938E+002 197.97 <-- SCF Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an

inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing

smearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 11 to 24.

2 -1.62762609E+004 -6.23532889E+000 2.54945870E+001 356.62 <-- SCF Warning: There are no empty bands for at least one kpoint and spin; this may slow the convergence and/or lead to an

inaccurate groundstate. If this warning persists, you should consider increasing nextra_bands and/or reducing

smearing_width in the param file.Recommend using nextra_bands of 11 to 24.

2 要在表面上吸附小分子，如H2 ，或者CO，可以选择不同的位置，比如top, bridge, 等，但是如何确定具体每个原子的position?

直接根据原子半径按照几何知识来计算吗？另外在计算表面吸附total energy的时候，是否选择上\如果不选择，就应该是每个原子的位置保持固定，那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢？

3 进行计算时选择上\polarized\对于不同元素，其参数如何设置？\pin\和\。

答：A、你把empty band里的空带数目增加试试或者减少smearing 的数值，这两个办法都可以增加精度。

你先把晶胞优化完成后再算吸附，只是注意两次计算所用方法要一致。确定原子的position是要根据能量高低来确定。

B、第一个文标题： 从他提示的关键词来看 NEXTRA_BANDS

This keywords controls the number of extra bands in addition to the number of occupied bands. These extra bands are

necessary for metals or finite temperature insulators. The default value for this parameter is 0. SMEARING_WIDTH

This keyword determines the width of the Fermi-surface smearing if the system is being treated as a metal.

因为不知道你的具体物质，所以我猜测有两种情况，一是你的结构有问题。二是因为你的结构的特殊性，所以你默认的设置计算是不

可信的，就如提示而言。如果你的结构没问题，你可以按照提示调整一下参数算一算。 .param为后缀名的文件里，有以上两个参数，你打开调整一下，然后计算你调整后的文件，就是点Files，然后Run Files。如果你调

整后没有提示，就说明你的结构需要调整参数。 第二个问题

原子在表面吸附就那么几种位置，你都要计算试一试，找到能量最小的吸附位置。至于吸附原子放在什么位置，你可以通过原子半径

计算，这样计算能加快你的收敛速度。如果不是计算，而是大致放个位置，收敛就和你放的位置有关，如果放的位置很接近收敛位置

，就会很快收敛。因为这这两种方法最终的计算收敛后，他们的位置应该是一样的（误差范围之内）。至于计算表面吸附total

energy的时候，是选择\还是固定表面，我看文献上这两种都有，因为这要和你计算的体系有关，如果体系不是很大

，应该选择optimized cell，这样更近现实验情况。

第三个问题，initial Spin设置，MS提供两种方法，你可以参考。

There are two ways of defining the initial magnetic configuration: either specify the total magnetic moment per unit

cell, which gets uniformly distributed over the space, or provide detailed information on the absolute values and

direction (up or down) of the spins for each atom in the unit cell. The former method can be used for relatively

simple systems where only two solutions are expected (magnetic and non-magnetic). The latter method, which specifies

the spin state of the atoms in the system, is more general and gives much more flexibility. It is possible to set up

ferromagnetic, ferrimagnetic, or antiferromagnetic calculations to get different starting spin arrangements.

不过我记得好像他们公司说过，一般formal spin都可以，除非是计算一些磁性物质，比如Fe、Co这种。目前我都是默认。至于

charge就是系统的电荷，如果不带电就是0，实际是多少就是多少。 自己的一点拙见，仅供参考 C、问题3

MS中的帮助文件中的内容是：

The initial value of the spin moment is quite important for spin-polarized calculations. It should be as close as

possible to the expected value. You can evaluate the spin moment using the high-spin approximation combined with

formal charges. For example, if there are ten Fe3+ ions in the system, you assume that each of them has a valence

electronic configuration of d5 (the neutral configuration is s2d6) which corresponds to five unpaired electrons per

Fe ion. The initial spin value for the CASTEP calculation is therefore fifty.

我如果计算Ni， s2d8 应该是2个 unpaired electrons, 所以，设置2*supercell中的Ni个数， 对吗？

D、通常磁性物质需要考虑spin是因为体系中有unpaired electrons。所以spin=unpaired electrons+1，是根据有无未配对电子设置 。你可以几种都试试，以能量低的为准。

E、从帮助的说明来看，应该是设置2*supercell中的Ni个数

另外就是注意你是周期性系统，边上、角上的原子不能算做一个原子，可能有的只是半个会四分之一个。

F、1 这样的提示我在计算掺杂Eu的体系中也见到过,当时也增加了empty bands,另外smear值有人说调大有人说调小,反正我都试了试

,效果都不是很好.我想可能是结构的原因,结构如果不合理的话其他调整不是那么明显.

另外也想补充个问题:我发现跟我没有调整这两个参数的计算结构比较,无论是band structure还是dos结果都有变化,不知道那样才是 合理?

2 我看到一些资料表面吸附时,通常的做法是把结构先optimized cell,然后用优化后的结构参数吸附分子模拟.位置先估计一下,然 后限制下层原子位置,表面的可以弛豫.

3 \的设置我就没怎么接触过了,看lz提供的ms帮助,受教了,谢谢 G、第二个问题：

吸附时每个吸附位都要考虑，而初始位置到底是怎么样的，一方面要看文献有没有类似的计算，另一方面就是经验的问题了。

在晶胞优化的时候才选上\，而在计算表面吸附的时候是不能选的。至于固定几层原子，这和你的体系大小有

关，一般来说体系越大就可以多固定几层，体系小就少固定几层，固定原子越多，计算效率就高，花费时间相对就较短，这与你的初

始构型也是相关的，构型好计算就快。如果是在不知道固定几层，就参考文献值，总不会错的，或者固定一半（小体系）或三分之二 （大体系）。 F、总结一下： 问题1

基本上是找到了问题，而且必须解决，通过软件的提示和大家的讨论，可以增加bands或者减小smearing，我会先试试减小smearing ，看看结果如何 问题 2

看来大家大多数认为在吸附的relax过程中不选择optimized cell，原子的位置靠几何计算得到。我先这样试试，但是我还有一点疑

虑，就是如果不选择optimized cell，吸附分子或者原子的位置是不是就保持固定了呢？csfn认为位置也不是保持固定，大家有经验

的可以谈谈。我算完之后其实测量一下就知道到底固定不固定了：） 问题3

争议还比较大，

1 不设置，保持默认，但是默认的initial spin是0，这样不知道对不对？ 2 设置spin=unpair electron+1，这个不知道是什么意思？有没有具体文献。 3 按照帮助文件设置，但是要考虑计算中超胞中很多原子是共用。

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