Materials-Studio 论坛问答全集(2)

构建的

5. supercell geometry——超胞结构

the Vienna ab-initio simulation package (VASP) ——维也纳从头算模拟软件包 the generalized gradient approximation——广义梯度近似 the plane wave expansion——平面波展开 structural relaxations——结构弛豫

a tight-binding linear muffintin orbital (TB-LMTO) method——紧束缚线性丸盒轨道 the TB-LMTO method——紧束缚线性丸盒轨道方法 the principal-layer Green’s function technique——？ the K││-resolved transmission——？ 6.不是很清楚，没有上下文

7 先计算出态密度。然后通过由玻尔兹曼方程推导出的电导率公式来算,见固体物理。提供两篇参考文献是做输运系数的计算的：

Georg K.H.Madsen, David J.Singh. Computer Physics Communications 175 (2006 67~71.

Philip B. Aleen ,Warren E.Pickett, Henry Karkauer. Physcical Review B 37 (1988) 2721~2726. 13、请问： 在用CASTEP计算材料空位缺陷时，如何才能实现只取一个空位呢？ 答：降低对称性，再DELETE一个原子就可以了 在build下的symtrey有make P1 不是降低对称性，是构建超胞 make supper cell

然后就可以删去一个原子了

正常的话如果晶体是原胞，直接删除一个原子可能造成很大影响

可以建大一点的超晶胞(比如2×2×2超晶胞)然后删掉一个原子，这样比较合理， 毕竟缺陷浓度是很低的。

14、[求助] MS是否可以做原子数在10-20个左右的簇合物的结构模拟

我想得到一些原子数在10-20个左右的一元或二元原子簇合物的低能构型。 MS里的分子模拟功能是否可以模拟出一些能量局部最小化的构型？ 如果不行的话，麻烦熟悉这方面的虫子给推荐个软件，最好是免费的。 我的要求很简单，就只要找到低能量构型即可。 手动直接构建实在是太麻烦了，而且说服力很低。 谢谢指教！

答：A、可以，dmol模块可以达到你的要求 B、感谢楼上各位。

不过我琢磨了半天，好像无论是Gaussian还是MS,都是要给定基本定型的构型，然后进行优化后获得更精炼一些的构型。

我想做这样一件事： 已知原子数为 10 的构型，第 11 个原子任意放置，然后程序自动变化第11个原子的位置，甚至变化 11 个原

子的位置 （既第11个原子对其他10原子的构型进行微扰）得到不同能量的局部的低能构型。

自己琢磨的，肯定很多不足，不是否有相关的参考资料。还请赐教，

15、ms discover停电后如何处理

ms discover算了一个星期，还有三天就算完了，结果停电全没了

重开机，启动ms，提示有任务非正常关掉，载入auto recover，job explorer里面还显示未算

完的任务，server console打不开，无 法查看是否正在算

查任务管理器，没有找到discover.exe进程，只有msstudio的进程，而且cpu占用高

手动停止job，然后从discover的dynamics模块下选中use restart result，但是结果显示完全从头开始算

没钱买ups，很不走运，两个星期内，这种停电出现两次了 请教大家有什么好的方法，从断电时的数据开始接着算 谢谢

答：如果你在dynamic中trajectory的选项里save选择了full，那么在重启动时，在restart选项里，选中use restart date选项，就 可以了。

16、求助：黄色和蓝色的电子云代表什么问题

请教各位一个问题，在MS的Dmol3下计算能量，在分析里查看HOMO和LUMO轨道的电子云的计算结果时，有两种颜色，默认的是黄色和 蓝色。这种颜色的不同代表什么意思？

还有一般用HOMO和LUMO轨道的电子云说明什么问题啊？我看很多文献说什么(π-π)派-派跃迁就是3.1415926所代表的那个希腊字母

，这里不知道怎么输入。还有（σ-σ)西格玛-西格玛等等，学习化学的人应该能够了解，可以从这上面看出来吗？

答：A、其实两种颜色的电子云不是代表homo和lumo的，只是说这个地方波函数是正号还是负号。因为对于电子云来说，其实是波函

数的平方，这个地方为了区别波函数的正负号，所以引进了两种颜色的电子云

B、在分子进行反应时，最高占据轨道（HOMO）和最低空轨道（LUMO）其有特别重要的作用。

分子轨道对称性守恒原理认为：在反应过程中，当有反应物分子轨道转变成产物的分子轨道时，其对称性始终保持不变，即始终都属 于同一个不可约表示。

如果反应物基态的分子轨道变成的是产物的基态的分子轨道，那么反应就是热允许的。（意即温和加热就可进行）

如果变成的是激发态的分子轨道，就是热禁阻的（意即不可能用温和加热的方法促其进行）。 如果反应物受光激发后由电子占据的分子轨道（激发态轨道）转变成产物的基态分子轨道，这一过程就是光允许的（意即用适当的光 照就可使其进行）。

若转变成产物的更高激发态分子轨道，就是光禁阻的（意即无法用光照促其进行）。

17、请问MS计算能带的问题

由CASTEP或DMol计算得到的能带，要看能带的带系宽度，是怎样看？ 是默认费米能级为0吗？那就是只看0附近的宽度吗？

答：A、0两边的宽度，最高占据和最低未占据之间的宽度就是带隙 B、我没有仔细的看过castep的能带，但是看过课题组的人做过报告。

我印象中，对于非金属，castep的费米能级是在价带顶，找出价带顶最大的那个能量和导带底对应的最小的能量之差，就是带隙吧。

至于有的说dos看带隙，这个不大可靠，要看你取了多大的展宽因子，展宽因子大，非金属也变成金属了，没带隙。

另外对于dmol来说，何来什么能带 全部分子能级，不过可能有gap，要从homo-lumo的差值去算gap

C、横轴是布里渊区的高对称点，与晶体的对称性有关 纵轴表示能带的能量。

带隙可以分成直接带隙和间接带隙

直接带隙就是0eV上下最高和最低两个能带在某个高对称点(如G，X、R点等)之间的能量差。

间接带隙就是0eV上能量最低的能带上的最低点的能量值减去0eV下能量最高的能带的最高点的能量值。

18、什么是Overlap populations？ 在一篇文章上看见

?Table 2 Bond distances (A? ) and Overlap populations (/E/in brackets)

TiO2 TiO2/Sn6c TiO2/Sn5c TiO2/Sn6-in Ob–Me6c 1.831 (172) 1.963 (220) 1.83 (165) (172) 1.832 (171)

Op–Me6c 2.066 (86) 2.107 (32) 1.989 (64) 2.069 (83)

Op–Me5c 1.938 (122) 1.912 (114) 1.995 (139) (123) 1.933 (120)

O1–Me6c 2.065 (86) 2.165 (86) 2.097 (117) 2.086 (119)

O2–Me5c 1.853 (130) 1.854 (119) 2.006 (122) (134) 1.890 (112)

O1–Me6-in 1.936 (160) 1.950 (142) 1.983 (163) (177) 1.968 (161)

O2–Me5-in 1.968 (83) 1.961 (84) 1.950 (96) 2.047 (90)

请问Overlap populations 是什么？如何得到的？ 答：A、Overlap populations 重叠布居

CASTEP计算性质时的population选项可以算 B、重叠布居

相当于键级的概念

一般来说，正值表示成共价键，正值越大，共价性越强 0表示纯离子键。 负值表示反键。

主要用于定性分析。不同的赝势、泛函计算的结果可能有差别 19、请教一下 这些数据在那？

TiO2/Sn5-in 1.831 2.070 (84) 1.988 2.072 (115) 1.865 2.056 1.976 (86) 您能把您算过的这部分给贴上来吗？

CASTEP计算性质时的population选项这个我已经算了 但是我找不到它在那 谢谢

答：CASTEP 中计算的时候选择properties里面的population analysis下面的

bond population 计算得到的结果除了有atomic population以外还有就是bond population 也可以叫overlap population

在.CST或者.CASTEP文件最后部分。 20、用MS需要什么样的配置？谢谢！ 老师打算买一台新的电脑做计算，我不知道一般需要什么样的配置就可以了！希望大家多提供点信息！谢谢了！

答：A、双核 至少奔D 2.8GHz 1G内存 高分子结构 最好准备买服务器！！！！ B、楼上的，没那么夸张吧？

CPU好像用不太多啊，一般的30-60原子有个普通双核也够用了吧？我没感觉出来双核比P2.8快多少啊？

你非要算蛋白质的话，那服务器也肯定不够。。。 内存大些倒是真是，应该需要2G也不嫌多的！ C、我觉得看你做什么体系 你如果做简单的分子体系 用demol可以解决的 谱图电脑夜可以的 如果算晶体

那必须是搞配置的机子

D、关键是cpu，内存，和硬盘

ms计算的结果还是蛮大的，我的硬盘都满了

要速度的话cpu双核可能没有单核快，因为并行效率在windows下好像不是很高 内存大是必须的，2G基本上可以，如果4G更好，反正现在内存也不是太贵

尽量多加点内存把，否则你想算一个稍大的体系，往往发现内存不够，确实够郁闷的。^_^ 21、问：模拟晶体表面吸附时，怎么样才能做到只允许垂直于表面方向弛豫，而平行表面的方向不允许呢？是用“Modify-- Constraints”实现的吗？如何实现？ 答：就是用“Modify--Constraints” 步骤：第一：选择要加限制的原子 第二：打开constrain对话框

第三：设置固定XY方向不考虑弛豫，实际上就是在x和y方向的笛卡儿或者分数坐标前打勾即可

22、问：与计算速度有关的都有什么因素，我计算的时候，CPU利用率约为百分之五十，刚开始出了几个点，可是后来好几天也没出

一个点，而且job explorer 显示是running,不知道怎么回事？

答：与计算速度有关的因素：cpu速度，内存大小，缓存多少，硬盘和主板接口速度等。 不知道你是用winxp版本还是linux/unix版本

如果是winxp版本，可能cpu是双核/双线程的，你交作业的时候选择单cpu 没有选择用2个cpu，所以cpu利用率大概在50％

23、请问我在CASTEP中计算掺杂后的模型，能用Reflex模块中XRD在计算吗？我直接将CASTEP中的.xsd文件激活后使用了Reflex结果 感觉很不对。

向各位请教！谢谢 我就是建立了一个结构.xsd，然后选了那个模块计算，出来的结果感觉是非常不合理的。你能给我举个例子吗？

答：新建一个文件，导入数据库中的FeS2（pyrite） 在reflex里面选power diffraction 设置xrd谱图的范围，靶的种类等等 点caculate 就ok了

24、问：如何将MS的car文件装换为xyz文件， 坐标比较多。 答：利用MS的 Export 输出为mol 格式的文件 然后利用Hyperchem打开上面的输出文件 另存为xyz文件即可

25、Dmol计算的频率如何看明白啊？

偶用Dmol3算体系的能量，算了其频率，输出文件中一大堆数据看不懂都是什么啊？哪里有详细说明吗？help里好象没有啊。不知道

有这方面的文献吗（中文最好）？请高手们指教啊！ 答：性质中频率是算声子的。

最后给出的振动模式 vibrational mode

输出文件主要看outmol文件，文件最后部分有振动频率的数据

如果不是周期体系，且假设体系有N个原子，则给出3N－6个振动频率

其中正值表示稳定振动，负值（虚频）表示不稳定振动，即振动将导致体系能量下降

如果是晶体则有3N个振动频率，其中有3个为刚性振动，频率接近0，表示所有原子沿着相同方向振动。除了振动频率的数值（振模频 率），还有振动的本征矢，每一个频率对应一组本征矢，本征矢表示原子的振动方向（x，y，Z）和幅度。

当发现晶体具有虚频的时候，那么原子按照本征矢方向振动，体系能量下降，会导致结构相变发生。 注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的 振动频率，而不能计算其他点的振动频率。 完毕

26、问：在计算的过程中CPU利用率变为0，重启以后任务还显示再计算，单CPU 利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0 了，这 是为什么？怎么解决阿？谢谢了！

答：虽然软件界面显示在run，但此乃假象也！！cpu为0肯定是没算了。之所以还显示在算，主要原因是你的内存可能不够用了，电 脑不能正确反应实际情况而已。

正常现象，如果交个作业，然后把进程杀了，还显示正常运行，但是运行无法结束 也没有结果。所以看作业是否运行，不单单得看网关的运行状态，还得看cpu的利用率 还有两种可能

第一：就是算完了，网关的内容却没有下载到本地目录。

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