利用addgene查找质粒图谱

详细分步的一步步教会怎么利用addgene网站查找质粒图谱

利用addgene查找质粒载体图谱

生物工程

杨翔

2012718026

摘要：

现如今的生物实验研究中，细菌质粒是重组DNA 技术中常用的载体。在天然质粒的基础上，为了适应实验室操作而进行人工构建质粒载体。与天然质粒相比，质粒载体通常带有一个或一个以上的选择性标记基因（如抗生素抗性基因）和一个人工合成的含有多个限制性内切酶识别位点的多克隆位点（MCS）序列，并去掉了大部分非必需序列，使分子量尽可能减少，以便于基因工程操作。

做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，然而如何准确迅速的查找到所需要的质粒图谱，是实验研究的基础工作，这里简单介绍一下应用addgene网站查找质粒图谱的方法。

关键词：质粒图谱，addgene

一． Addgene简介

Addgenen是一个全球科学家质粒共享非盈利组织。它作为一个公益性组织，负责保存和提供质粒。 科学家发表文章如果涉及到质粒，会发一份到Addgene保存，其他科学家如果需要这个质粒，也可以向Addgene索取

二．网站首页界面

/点击此网址，进入addgene首页，可以看到如下界面。

菜单栏包括了：Home（首页），Deposit Plasmids（储存质粒），Find Plasmids（查找质粒），How to Order（如何构建），Plasmid Reference（质粒引用）以及最后一个About Addgene（关于Addgene）

三．查找方法

1.我们以常见的pRS质粒为列，点击菜单栏的Plasmid Reference，进入以下界面。

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2.再点击下图中的Vector Batabase，进入载体数据库。

点击后会出现以下界面

3.之后，我们可以根据界面中给出的四种搜素方法查找所需的质粒载体，包括： Plasmid Type（质粒类型） Source（质粒的来源）

Bacterial Resistance（细菌抗药性） Selectable Marker（选择标记）

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我们也可以直接在搜索框中输入所需查找的质粒，如以pRS为列。点击搜索后，可以看到结果界面，如下。

4.我们可以看到搜索结果中显示了，数据库中的所有pRS质粒的信息。 菜单栏中分别注明了， Name（质粒名称）

Vector Type（质粒类型）

Resistance Marker（抗药性标记） Bacterial Resistance(细菌抗药性) Source（来源）

Sequence（质粒的序列）。 如下图。

5.以以下三种pRS为列，可以发现这三种pRS质粒的类型分别为未注明载体类别，酵母质粒和细菌质粒。pRS428和pRSET-B质粒的抗药性为氨苄。这三种质粒的来源分别为：ATCC（美国型培养菌种集American Type Culture Collection），Addgene公司以及美国Invitrogen生物公司。

6.而最右侧的Reference

中，

表示此质粒没有序列，

表示可以查看

详细序列。

7.我们以质粒pRS413举例，点击进入，出现以下界面。

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显示的界面中包括了此种质粒的很多信息。包括了常用的，

Vector type other（载体类型）: Yeast centromere vector Bacterial resistance(s)（细菌抗药性）： Ampicillin Growth strain(s)（生长菌株） ：DH5alpha Growth temperature (℃)（培养温度）: 37

High or low copy（高拷贝还是低拷贝）: High Copy

8.再往下拉，可以看到此质粒的详细图谱，如下。可以得知此质粒全场4969bp，氨苄抗性的位置，启动子位置，以及MCS中各种酶切位点的位置等等。

9.继续拉到页面底部，可以看到图谱中具体的基因位于此质粒中的何处位点，如下，如Ampicillin

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抗性基因位于从第4256个碱基到第3396个碱基。同时也有所有酶切位点的位置。

10.同时，我们也可以点击蓝色标注的here，进入查看质粒的完整序列。

点击后，进入以下界面。

在序列框中，我们就可以复制质粒的全部碱基序列，进行后续分析。

11.点击右侧的Analyze Sequence。我们可以对此质粒进行更深入的查看。

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12.点击进入后会显示以下界面。

13.在质粒图谱中点击各个基因，会在序列框中以棕色背景显示基因所在的序列位置，如下，以其中的AmpR-promoter为例，点击后会出现以下结果。

14.点击菜单栏中的BLAST，我们就可以进入NCBI进行同源序列相似性分析。

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15.这里包括了BLASTN（用来查找相匹配的核酸序列），和BLASTX（用来查找相匹配的蛋白质序列）。

点击BLASTN后就可以进入NCBI。如下。

16.我们在Job Title中输入此次工作名pRS413，

然后点击页面最下面的。进行相似序列的分析。

四．总结

那么通过以上的一系列查找方法，利用Addgene网站查找到了我们所需要的质粒载体的大部分信息。根据这些信息，便可以针对性的进行质粒构建，引物设计等后续工作。

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