1、建筑工程一般周期较长，许多工程项目长期挂账，有时建筑公司故意剩少量的工程尾款，不进行工程决算，造成税务机关在对其检查时无法结算工程项目利润，也就无法计算征收所得税。
2、在我市一级稽查尚未到位的情况下，税务检查主要由各征管县、区（分）局组织实施，虽然各单位都把建安企业列为每年的汇算清缴检查重点，但由于建筑行业本身的特点，要准确查实工程成本、费用有一定难度，在汇算清缴过程中，往往由于人员、时间的限制，难以查深、查细，通常只是对人员工资、业务招待费等费用作一些调整，而对影响利润的主要因素：工程成本并未进行认真的检查，所以一般无所得税的查补入库。
3、由于长期以来，建筑业普遍亏损或微利，致使检查人员在对建安企业进行税务检查时，在主观上已形成了一种建筑业无所得税的观念，所以并不把所得税作为检查的重点，通常只对建安营业税及房产税、土地使用税、印花税等地方税种进行结算，而所得税往往只是就表结表，基本上无所得税款查补入库。
三、加强建筑业所得税征管的措施和建议
1、对建筑业所得税实行预征，变被动征收为主动管理。针对建筑行业工程周期长，经营形式及核算方式复杂的特点，建议比照我市房地产企业的所得税征收管理规定，对建筑业所得税实行预征，从而变被动征收为主动管理，改变目前建筑业所得税征管不到位，税款大量流失的现状。预征时应税所得率可定位5%，具体计算公式如下：
当期应预征所得税=当期工程结算收入（含工程形象进度款）×5%×所得税率
如按此方法对被调查的2002年度203户建安企业所得税进行预征，其总收入为179086万元，应预征所得税2954.9万元（179086×5%×33%），与实际入库所得税489.1万元（含个人所得税）相差五倍多。
2、加强对个人承包建筑工程的所得税征收管理。在目前建筑工程项目普遍采取挂靠、承包经营的情况下，建筑公司账面基本都反映亏损，无企业所得税，所以税务机关应把工作重点放在工程承包人的个人所得税征管上。要把工程利润的真正所有者：包工头，从幕后推到前台，严格按照个人承包建筑工程的所得税征管规定，对其附征个人所得税。要加强对工程承包合同的跟踪管理，及时掌握工程项目的真正承包人，将对承包人的所得税征收到位。
3、加强对外来建筑施工企业的所得税征收管理。根据新的《税收征管法实施细则》第21条规定：从事生产、经营的纳税人外出经营，在同一地一年（连续的12个月）内累计超过180天的，应当在营业地办理税务登记，按照独立的纳税人接受当地税务机关的管理。一般的建筑工程周期都在180天以上，所以据此规定，对于持《外出经营活动税收管理证明》，在我市从事建筑施工业务的外地建筑施工企业，如经营期在180天以上的，要督促其及时办理税务登记手续，并向项目所在地主管税务机关申报缴纳所得税。
4、加强税务检查，严厉打击偷逃税行为。要进一步加大对建筑业的检查力度，促使建筑企业建立健全会计核算，规范经营管理。对于有意采取各种手段偷逃税的，要予以严厉打击，并严格按《税收征管法》及有关法律、法规进行处罚。
5、加强部门配合、协作。要做好建筑业的税收征管，离不开各级政府的重视和有关部门的支持，各级税务机关要加强与计委、土地、城建、规划、房管等部门的配合和协作，及时了解掌握项目审批，工程招标，资金概算及工程决算等有关信息，加强对工程项目的监控，做到施工前登记，施工中预缴，竣工后清算，切实提高我市建筑业所得税征管水平。
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