税收优惠是国家对特定产业、特定地区的特定交易形式采取的市场竞争和调控手段，是政府为实现一定历史时期的宏观经济发展目标，以一定相对合理的方式，分轻重缓急地向特定经济主体（投资人）退让或放弃一部分税收收入的鼓励或照顾措施。虽然我国现行税收优惠政策对促进经济的发展和产业结构的调整起到了重要作用，但其在法律效力、政策导向、调控方式和实施效果等方面还存在诸多问题。
税收优惠模式显露弊端
主要表现在以下几个方面：
1．税收优惠的法律级次较低。
一是立法层次较低。大部分优惠政策以暂行条例、行政法规、部门规章的形式出现，仅有极少数优惠政策散落在税收法律条文中。近年来，一些地方政府为实现其招商引资、发展地方经济的目标，在税法规定的减免税政策之外，施以更多的税收优惠，越权出台了一些税收优惠政策，以至于在同一地区、同一行业，甚至同一所有制企业适用完全不同的税收政策，不但造成不同程度的税收歧视，而且使国家税款大量流失。
二是政策条文零散、割裂。大部分优惠政策表现为部门规章和红头文件，出现在国务院、财政部、国家税务总局发布的通知、规定中，在政策内涵和总体规划上缺乏统一性和长远性。
2．税收优惠没有充分体现产业政策的要求。
我国现行税收优惠政策具有普遍优惠的特点，没有充分体现产业政策的要求，不利于产业结构的优化升级。内资企业所得税除对高新技术产业和第三产业的少量优惠外，在体现国家产业政策方面的优惠内容较少；外资企业所得税由于实行全面的身份赋予型税收优惠政策，所以客观上诱导了外商投资于周期短、高回报率的项目，借助税收优惠待遇尽快收回投资成本并获得收益。因此，我国外资企业主要集中于一般加工工业和劳动密集型产业，而迫切需要发展的基础产业和高科技产业的比重较少。
3．税收优惠的调控方式单一。
其一，现行税收优惠，主要集中在所得税。而现行税制结构是以流转税为主体的，再加上受企业经济效益的影响，所得税优惠政策的促进作用十分有限。
其二，现行税收优惠的政策手段单一。税收优惠的政策手段包括直接优惠与间接优惠两大类。直接优惠的具体方式主要是免税、减税、退税。其特点是简单明了、具有确定性。间接优惠的具体方式主要是税收扣除、加速折旧等，其特点是具有弹性。一般情况下，直接优惠对纳税义务人争取税收优惠的激励作用大，间接优惠对纳税义务人调整生产经营活动的激励作用大。因此，在选择税收优惠的政策手段时，主要应当运用间接优惠，尽可能少用直接优惠。
我国现行的税收优惠，按照优惠的项目计算，95%以上的项目属于直接优惠，间接优惠项目所占的比重不足5%。这种方式是针对企业利润进行调整，主要适应于盈利企业，而对那些投资规模大、经营周期长、获利小、见效慢的基础设施、基础产业、交通能源建设、农业开发等项目的投资鼓励作用不大。
4．税收优惠的设置事前缺乏可行性论证，事后缺乏实施效能分析评估。
目前由于对税收优惠效应的不适当夸大，以及对各种优惠政策的事前可行性论证分析制度尚未建立，造成政府在设置税收优惠项目时，较少考虑税收优惠的有效性及效应大小。其结果，一些税收优惠很可能在实践中没有任何收益，甚至造成税收优惠范围失控，效用低下。
5．税收优惠的管理缺乏宏观预算控制。
对税收优惠的宏观管理，就是对各种税收优惠措施减少国家财政收入的数额及其鼓励方向通过编制预算实行计划管理，同时跟踪监控优惠政策的执行效果。对税收优惠实行预算管理，一方面能够充分发挥公众对税收优惠的监督作用与控制作用；另一方面通过建立税收支出预算制度，能够对支出的规模和支出方向进行预算、平衡和控制，并对税收支出的经济效果和社会效果进行分析和考核。税收支出的预算控制，在西方许多国家都已经采用，但我国现阶段的税收优惠没有实行预算管理。公众不知道税收优惠的规模与结构，也无法对税收优惠进行有效控制，政府本身也对实行新的税收优惠的支出规模、财政承受能力无法准确估计。
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