24597DNAStar中文使用说明书(8)

拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方法。

? 你将注意到方法帘没有Bent DNA - Bending Index method。在方法

帘的顶端，点击More Methods打开一个下拉菜单，其中尤可以用于分析的所有方法，点击Bent DNA - Bending Index method，该方法就进入了方法帘。

? 若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如

果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用Bent DNA - Bending Index，所以点击三角形，会发现图标前没有数字。

? 点击白颜色的位臵去除对图标的选择。 ? 单击选定“Bend Region,”，将其拖到分析

界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。

方法参数改变

下面我们改变方法的参数，然后将分析结果与参数改变前的结果进行比较。

? 重复前面的操作，在方法帘中加入一个新的Bent DNA - Bending

Index，并把它拖如分析界面。现在你应该有2个完全一样的折叠区分析结果。

? 双击方法帘中任何一个结果，将打开一个参数对话框。

? 改变弧长度参数为30，单击OK。分析界面上就会出现根据此参数计

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算得到的结果。

（注：如果你再次拖入新的方法时，参数的改变会自动应用到新的方法上）。

结果展示优化

? 组合或移动展示的结果：单击位于GeneQuest窗口左侧的调色板工

具中的的选择器（手图标），在分析界面中可以随意拖动任何展示的结果到任何位臵。

? 改变方法格式：单击目的选择器（手图标），可以选择分析界面上

的任何方法。从OPTIONS MENU菜单选择Line Color，打开彩色选择子菜单。选定颜色后，方法题目和结果显示都将变成那个颜色。另外，你可以用类似的指令进行操作：Line Weight、 Fill Color and Fill Pattern。

? 去除方法：单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应

用的方法即可。

注意任何你除掉的方法都是能从Methods menu菜单再一次被使用。

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注释Features

当你用Genbank输入序列时，序列中标注的Features会自动转换为图形命令显示在方法帘中。这些Features 可以象任何别的方法那样拖到分析界面上显示。

GeneQuest也允许你为你的DNA序列制作新Features： ? 单击位于GeneQuest窗口的左侧的调色板工具（箭图标）。 ? 然后点击选定2641-4257的Informative Region。

? 点击调色板工具（铅笔图标），或者从SITES & FEATURES MENU

选择New Featur，打开一个Feature Editor对话框（如右图）

? 你打开Feature Editor时，

首先进入Location设定。点

击“Info region”进入Title box，点击“Segment A”进入Segment Name box，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的位臵。 ? 点击Description按钮进入新的Feature Editor窗口。如果你愿意，可

以在note中对Feature做标注，在key种选择Feature的种类。 ? 点击Style按钮进入最后的Feature Editor窗口，选择字型，大小和颜

色，以及你喜欢图型用于新建的feature。

? 点击OK关闭Feature Editor窗口。一个图形化展示的“Info region”

就会出现在分析窗口的底部。

下面我们把新建的feature与另外一个feature整合起来。

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? 单击调色板工具（箭图标）。选定你刚做好的feature，单击工具调

色板工具上的（链图标）。

? 然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature，再点击连接（链图

标）。

? 这样你的“Info region”featur将继续作为没有联系的方法而存在，

但是，它的拷贝将作为R01H10.4featur的一部分出现。

BLAST检索

GeneQuest为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库上进行相似性检索提供2不同的方法。BLAST Selection指令允许你使用序列的任何一部分进行检索。BLAST ORF需要你首先选择序列的ORF，然后他就可以自动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。在这一节中，我们用BLAST在NCBI上检索与Nematode R01H10相似的序列。 注意必须保证您的计算机与因特网相连。否则，跳过这一部分。 ? 单击范围选择器调色板工具（箭图标）。

? 如同在右边被显示的那样，单击任何“R01H10.5”的feature。注意

此时选定的仅仅是外显子部分（exons），内含子部分被自动去除。 ? 从网络检索菜

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单，选BLAST Selection。会出现左面的BLAST对话框。 ? 不做参数改变，这样，程序

是blastn，数据库是nr。 ? 单击同意开始查找。

寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。有关\和\的详细的信息在NCBI's网点--http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.--可以找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。BLAST结果窗最上边的4钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。“Put In Document”按钮相当于Gene Finding - DNA

Finder，在打开序列中寻找检索到的序列。（如果我们使用blastp或blastx，则相当于Gene Finding-Protein Finder） ? 在BLAST结果窗口中选择一个检索结果。 ? 单击Put In Document。保存对话窗将打开。 ? 选定保存位臵，并命名。单击保存。

? 你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线自动出现在分析界

面的底部。垂直的竖线显示BLAST结果的位臵。

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