Amber 教程(4)

2、 直接用mol2 转

也可以直接把sybyl 的mol2 做参数

* -antechamber –i file.mol2 –fi mol2 –o filr.prep –fo prepi –c resp / -c bcc * -parmchk –i file.prep –f prepi –o file.frcmod

now you have 2 files: file.prep and file.frcmod for the drug .

注意修改file.prep 中文件名。要与pdb中的配体一致。（vi prep。假设是abc）

对应pdb与prep文件中的原子名称,，原子顺序要一致。 prep 在xleap中打开

using tleap for the protein or drug or/and complex -xleap –s –f leaprc.ff99

-mod = loadamberparams file.frcmod -loadamberprep file.prep edit abc

pdb 可以用sybyl打开。用vi 修改pdb -source leaprc.gaff -RL = loadpdb file.pdb -Solvateoct RL TIP3PBOX 10

-Addions RL Cl- 0 (0:zero for neutral charge,Cl- can be replaced by Na+) -Saveamberparm RL fileWT.top fileWT.crd (save topology and coord. With water)

amber动力学，博大精深！做参数还需好好学习，记录一下过程，以免忘记。

一般来说，小分子的参数是最麻烦的，首先具备的是mol2文件，做参数主要是电荷问题，一般有bcc和resp电荷，个人觉得选用resp电荷可能好一点，曾经用bcc发现优化做不下去。 1、用resp电荷前，需用gaussian计算电荷分布，其中gaussian计算的关键词为： %mem=400Mb

%nproc=1

#P HF 6-31G* pop=mk iop(6/33=2) iop(6/42=6) 2、生成aaa.out文件后，利用antechamber制作prep文件

antechamber -i aaa.out -fi gout -o aaa.prep -fo prepi -c resp #输入文件名、文件类型、输出文件名、输出文件类型，电荷类型

3、产生prep文件后，就是检查参数， parmchk -i aaa.prep -fi prepi -o aaa.frcmod

在aaa.frcmod文件中是一些非标准的键长，键角，二面角等信息。

4、修改prep文件中，小分子的名字，默认的都是MOL，改成pdb中复合物中的小分子一致的名字（设为ABC )。

5、利用xleap修改原子名称。

由于mol2文件转成的prep文件的原子名称往往与pdb中小分子的名称不一致，这是可以用xleap中的edit ABC。（假设pdb中小分子的名字叫ABC). 在图形中选择显示原子名称，这样这就是amber将会读的原子名称，是prep文件中的。可以用sybyl打开pdb，现在原子id，对应位置，利用vi编辑器，打开pdb，修改pdb中的原子名称与xleap中的一致。

6、修改工作一般很细小，一定要小心，完成后保存退出。为了以防万一，备份一下pdb。然后vi打开pdb ，将原子键连的信息删掉。小分子与蛋白间有必要可以加上TER，断开各个小分子，这是pdb格式中的一个通用分段方式，具体可以查看pdb的文件格式信息。

7、完成后就可以sus=loadpdb abc.pdb导入pdb，这样一般不会有新增加原子了。

在做动力学的时候有时候出现以下错误信息： Coordinate resetting (SHAKE) cannot be accomplished, deviation is too large

这时候可以用ptraj中的checkoverlap检查原子间是否有很近的原子 ptraj << EOF YourParm.top trajin YourCRD.crd checkoverlap go EOF

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