系统发生树详解 - 图文(2)

选择您感兴趣的基因，进行多物种的基因组搜索，将获得的序列进行基因序列特征分析，并构建多序列比对和系统发生树，请阐明选择基因的目的、试验步骤和进行结果分析。 解:本次作业以人类(homo sapiens)的视黄醇结合蛋白RBP4为例来做.其序列文件如下:

>Homo sapiens retinol binding protein 4, plasma (RBP4), mRNA|gi|55743121|ref|NM_006744.3 CGCCTCCCTCGCTCCACGCGCGCCCGGACTCGGCGGCCAGGCTTGCGCGCGGTTCCCCTCCCGGTGGGCG GATTCCTGGGCAAGATGAAGTGGGTGTGGGCGCTCTTGCTGTTGGCGGCGCTGGGCAGCGGCCGCGCGGA GCGCGACTGCCGAGTGAGCAGCTTCCGAGTCAAGGAGAACTTCGACAAGGCTCGCTTCTCTGGGACCTGG TACGCCATGGCCAAGAAGGACCCCGAGGGCCTCTTTCTGCAGGACAACATCGTCGCGGAGTTCTCCGTGG ACGAGACCGGCCAGATGAGCGCCACAGCCAAGGGCCGAGTCCGTCTTTTGAATAACTGGGACGTGTGCGC AGACATGGTGGGCACCTTCACAGACACCGAGGACCCTGCCAAGTTCAAGATGAAGTACTGGGGCGTAGCC TCCTTTCTCCAGAAAGGAAATGATGACCACTGGATCGTCGACACAGACTACGACACGTATGCCGTGCAGT ACTCCTGCCGCCTCCTGAACCTCGATGGCACCTGTGCTGACAGCTACTCCTTCGTGTTTTCCCGGGACCC CAACGGCCTGCCCCCAGAAGCGCAGAAGATTGTAAGGCAGCGGCAGGAGGAGCTGTGCCTGGCCAGGCAG TACAGGCTGATCGTCCACAACGGTTACTGCGATGGCAGATCAGAAAGAAACCTTTTGTAGCAATATCAAG AATCTAGTTTCATCTGAGAACTTCTGATTAGCTCTCAGTCTTCAGCTCTATTTATCTTAGGAGTTTAATT TGCCCTTCTCTCCCCATCTTCCCTCAGTTCCCATAAAACCTTCATTACACATAAAGATACACGTGGGGGT CAGTGAATCTGCTTGCCTTTCCTGAAAGTTTCTGGGGCTTAAGATTCCAGACTCTGATTCATTAAACTAT AGTCACCCGTGTCCTGTGAAAAAAAAAAAAA

通过 Genbank（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/）中的Blastn 检测最相似序列或在GenBank 中下载参考序列，选择Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)。将上述序列粘贴到输入框中，如下图：

注:这里选用

点击 Blast，得到如下结果：

库

根据序列相似性大小，将相似性最大的序列下载下来,这里选择如下一些序列:

并与原始文件放在一起形成一个文件

:

之后的建树的步骤和上面的实验的步骤就大同小异了: ①多序列比对:

比对后产生的多序列比对文件保存为

②比对后序列修剪(掐头去尾):

修剪后的文件

③系统发生树构建:

这里就用n-j法建树:

得到发生树如下

:

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